[发明专利]用于识别生物样本中的表达区别要素的方法

权利要求书

1.一种用于识别表达区别要素的方法，包括：

访问生物样本中的两个或更多生物样本的相应表达数据（14），所述表达数据包括对应于相应两个或更多基因的信号强度值；

生成所述两个或更多生物样本的表达矩阵（62），所述表达矩阵从每个个体生物样本的所述表达数据（14）的所述信号强度值导出，并且具有代表所述两个或更多基因和生物样本中的所述两个或更多生物样本的维度；

从所述表达矩阵生成联合表达矩阵（66），所述联合表达矩阵在所述两个或更多生物样本的所述两个或更多基因中的每两个基因之间具有共表达概率元素；

归一化所述联合表达矩阵（66）的行以生成条件表达矩阵（68）；

基于所述条件表达矩阵（68）的区别行（70）中的行向量的最高量值来识别所述区别行（70）；以及

提供与所述区别行（70）关联的所述两个或更多基因中的个体基因是用于所述两个或更多生物样本的表达区别要素的指示（步骤56）。

2.如权利要求1所述的方法，包括接收定义离群信号强度的偏差的阈值的用户输入（64）。

3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述表达矩阵用常数加尖峰。

4.如权利要求1、2或3所述的方法，其中所述表达区别要素在所述条件表达矩阵（68）中具有1的归一化信号强度（步骤50）。

5.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述条件表达矩阵计算（68）经由矩阵链乘法被绕过。

6.如前述权利要求中任一项所述的方法，进一步包括基于所述区别行（70）将所述条件表达矩阵（68）重新中心化，以生成重新中心化的条件表达矩阵（74）。

7.如权利要求6所述的方法，包括基于来自所述重新中心化的条件表达矩阵（74）的行向量的最高量值来识别第二区别行。

8.如权利要求7所述的方法，其中附加区别行基于具有与所述重新中心化的条件表达矩阵（68）的另一行的正交投影（76）的最高量值而被识别，并且经由下式而被确定：

其中是潜在表达区别要素，而是先前的潜在表达区别要素。

9.如权利要求8所述的方法，包括对所有区别行基于它们距每个其它区别行的距离来进行排名（88）。

10.一种分析系统，包括：

存储器，所述存储器存储指令用以：

接收（步骤42）两个或更多生物样本的表达数据，所述表达数据包括对应于相应两个或更多基因的信号强度值；

生成（步骤44）所述两个或更多生物样本的表达矩阵，所述表达矩阵从每个个体生物样本的所述表达数据的所述信号强度导出，并且具有代表所述两个或更多基因和所述两个或更多生物样本的维度；

从所述表达矩阵生成（步骤48）条件表达矩阵，所述条件表达矩阵具有在所述两个或更多生物样本的所述两个或更多基因中的每两个基因之间的共表达概率元素；

基于所述条件表达矩阵的相应最高量值行和所述条件表达矩阵的行与所述条件表达矩阵的每个其它行的正交投影的相应最高量值中的一个或多个或二者，识别（步骤52）两个或更多基因表达区别要素；

基于所述两个或更多基因表达区别要素来识别所述生物样本中存在的基因表达特征；以及

提供（步骤56）所述生物样本中存在的所述基因表达特征的指示；以及

被配置为执行所述指令的处理器；以及

被配置为显示所述指示的显示器。

11.如权利要求10所述的系统，包括：通信电路，所述通信电路被配置为将所述指示传递给细胞处理系统，其中所述指示是与生物处理反应器中非生产性细胞的存在关联的基因表达特征的指示。

12.如权利要求10或11所述的系统，其中所述指示致使所述生物处理反应器改变培养参数。