[发明专利]诊断方法和用于诊断的系统

说明书

用于诊断生物体中的微生物感染的方法，使用该方法，所述微生物感染至少部分地在生物体的细胞物质中作为原体(elementary body)存在。该方法包括以下步骤：(1)提供来自生物体的细胞物质的样品；(2)处理样品以获得富集了原体的测试组合物，只要样品包含任何原体；以及(3)使一定体积的包含至多预先确定的最大数目的原体的测试组合物经历MALDI质谱分析方法以鉴定微生物感染的存在。样品处理更特别地涉及细胞裂解和从裂解的细胞物质分离原体。随后，使原体(和附着至其的任何其他物质)与基质材料接触，促进MALDI质谱分析。

发明领域

本发明涉及一种用于诊断生物体中的微生物感染的方法，其中所述微生物感染至少部分地在生物体的细胞环境中作为包涵体存在。

本发明还涉及一种用于诊断的系统。

发明背景

微生物感染导致对生物体诸如哺乳动物并且更特别地对人类的健康的威胁。多种诊断方法可用于鉴定这样的感染。然而，这样的鉴定可能是费力的。此外，微生物感染可以是无症状的，使得被感染的宿主生物体没有意识到感染。这使得感染扩散。此外，一些微生物感染以细胞内感染存在。

广义上，特定类别的感染至少部分地以包涵体存在。这样的包涵体是可染色物质(通常是蛋白)的核聚集物或细胞质聚集物。包涵体通常代表病毒或细菌繁殖的部位。在多种情况中，特别地在衣原体属(Chlamydia)和嗜衣原体属(Chlamydophila)的情况中，包涵体可以包含呈两种形式的感染性物质：适合用于繁殖的一种形式和适合用于细胞感染的另一种形式。后一种形式可以离开受感染的细胞并且扩散进入其他细胞。前述一种形式也称为网状体(reticulate body)并且前述另一种形式被称为原体(elementary body)。这两种形式在若干方面不同，诸如RNA/DNA的比率、核物质的密度和细胞壁的类型。可以以细胞外形式存活的原体具有低的RNA/DNA比率，例如低于1，具有电子致密核物质和相对坚硬的细胞壁。它们还诱导吞噬作用并且抑制吞噬体功能。网状体因此是非感染性的，是代谢上有活性的，具有较高的RNA/DNA比率，例如3-4。它们还具有松散分布的拟核，更薄更柔韧的细胞壁并且通过二分分裂更替(replace)。本发明利用了原体的特性。虽然已知这样的原体存在于衣原体属和嗜衣原体属中，但不排除其他微生物感染，例如病毒或革兰氏阴性细菌通过相似的原体机制进行扩散，即具有包含致密核物质的形式或阶段并且总体相对坚硬以使得能够实现细胞外存在。

包涵体的存在可能是由于已经感染宿主生物体的细菌并且更特别地是细胞内细菌。然而，包涵体还可能由于来自一种类型的生物体(诸如真核细胞)的重组基因在另一种生物体(诸如原核细胞)中的表达而产生。包涵体的类别的实例包括病毒包涵体、红细胞中的包涵体、皮肤状况中的包涵体、康氏小体(Councilman body)和杜勒小体(Dohle body)。病毒包涵体可以是细胞质内的、核内的，例如嗜酸性的或嗜碱性的并且此外可以是核内的和细胞质内的二者。红细胞中的包涵体可以作为发育细胞器、原生动物包涵体和作为异常血红蛋白沉淀物。许多重要的病毒和感染被了解为呈包涵体形式，包括狂犬病中的内氏小体(negri body)、单纯疱疹病毒和水痘带状疱疹病毒中的Cowdry A型、黄热病中的Torres体(Torres body)和脊髓灰质炎和腺病毒中的Cowdry B型。植物中的病毒包涵体的实例包括病毒颗粒的聚集物(如黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus)的病毒颗粒的聚集物)和病毒蛋白的聚集物(如马铃薯Y病毒组(potyviruses)的圆柱状包涵体)。

一种细胞内类型的细菌的相关细菌感染，并且至少部分地呈包涵体形式并且包含在衣原体属并且更特别地沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis)中发现的网状体和原体二者。支原体属(Mycoplasma)物种感染也被理解为细胞内细菌感染。在下文中，将关注于衣原体属的细菌物种的包涵体。