[发明专利]用于检测参与微生物腐蚀(MIC)的生物的生物芯片和快速方法

权利要求书

1.一种适于对样品中的引起腐蚀的细菌进行检测、鉴定或量化的寡核苷酸探针组，所述探针组包括多个来自表1、表3、表4、表5或其任何组合的探针。

2.根据权利要求1所述的探针组，其中所述探针包括SRB1、Dv、Dbacterium1、Dbulbus、Dbacter2、Dbacter1、Dsmicrobium1、Dtomaculum1、Dtomaculum2、Dscoccus、Dv 16S_1、MCR1、Archaea1、Archaea2、ARC16SRNA、Geobac、Shew、GeoS、GeoM、ShewRNA1、16SRNA PR、FTHFS、a/bssA、Firmicutishyd A、大肠杆菌、nirS、nirK、narG和napA(SEQ ID NO:1；4；5-11；13-18；20-22；24-32；80；和84)。

3.根据权利要求1所述的探针组，其中所述组的所述探针固定在生物芯片上的可鉴定位置处。

4.根据权利要求1所述的探针组，其进一步包括阳性对照探针16SCONS_1(SEQ ID NO:36)。

5.一种用于测定细菌群落组成的方法，所述方法包括以下步骤：

(a)提供待分析的目标DNA；

(b)使所述目标DNA经历第1扩增；

(c)使经过扩增的目标DNA片段化；

(d)使经过片段化的目标DNA经历第2扩增步骤并标记所述目标DNA；

(e)使经过标记的目标DNA的所述片段与包括根据权利要求1所述的寡核苷酸探针组的生物芯片杂交；

(f)对目标DNA片段与根据权利要求1所述的寡核苷酸探针组的杂交效率进行量化，其中杂交效率>1.5表明杂交成功。

6.根据权利要求5所述的方法，其中目标DNA是单链的。

7.根据权利要求5所述的方法，其中寡核苷酸探针固定在固相载体上。

8.根据权利要求5所述的方法，其中至少21个探针的杂交指示引起腐蚀的细菌活性。

9.一种生物芯片，其包括来自表1、表3、表4、表5或其任何组合的寡核苷酸探针，所述寡核苷酸探针固定在固相载体上，所述生物芯片用于检测与微生物腐蚀(MIC)相关的细菌。

10.根据权利要求9所述的生物芯片，其中所述细菌选自由以下组成的组：SRB：(脱硫弧菌(Desulfovibrio)、脱硫杆菌(Desulfobacterium)、脱硫叶菌(Desulfobulbus)、脱硫菌(Desolfobacter)、脱硫微菌(Desulfomicrobium)、瘤胃脱硫肠状菌(Desulfotomaculumruminis)、脱硫肠状菌(Desulfotomaculum)、脱硫球菌(Desulfococcus)、产甲烷古菌(Methanogenic Archaea)；古菌(Archaea))；MRB：(地杆菌属(Geobacter spp.)；希瓦氏菌属(Shewanella spp.)；硫还原地杆菌(G.sulfurreducens)；金属还原地杆菌(G.metallireducens)；节杆菌属(Arthrobacter spp.)；FB：(产乙酸菌(Acetogenic)、碳氢化合物降解菌(Hydrocarbon-degrading)、厚壁菌门(Firmicutes))；大肠杆菌和NRB。