[发明专利]对病毒中免疫逃逸功能区域的全基因组鉴定

说明书

开发了一种方案，用于对减毒病原体诸如流感病毒遗传工程化，使得其可以在没有干扰素的细胞中生长但在具有干扰素的细胞中生长被抑制。该方案包括系统性地鉴定病原体的基因组的免疫逃逸功能区域，然后消除免疫逃逸功区域能同时维持病原体的一定复制适合度。所得的减毒病原体引起强免疫应答并且可以被用于减毒活疫苗中。

相关申请的交叉引用

本申请根据35U.S.C.119(e)节要求2017年3月14日提交的Yushen Du、NicholasC.Wu和Ren Sun的题为“GENOME-WIDE IDENTIFICATION OF IMMUNE EVASION FUNCTIONS INA VIRUS AT AMINO ACID RESOLUTION AND RATIONAL DEVELOPMENT OF IMMUNETHERAPIES-REDUCTION TO PRACTICE WITH ANTI-INTERFERON FUNCTIONS ONINFLUENZAVIRUS”，(2017-515-1)的共同未决且常规指定的美国临时专利申请序列第62/471,269号的权益；该申请通过引用并入本文。

序列表

本申请包含序列表，所述序列表已经以ASCII格式电子提交并且特此通过引用以其整体并入。于2018年3月6日生成的所述ASCII副本被命名为30435_330-WO-U1_SL.txt，并且大小为37,014字节。

技术领域

本发明涉及用于增强免疫应答和/或制备药物组合物的系统和方法。

发明背景

大多数病毒快速地适应多种选择压力，这对部署安全并且有效的疫苗提出了挑战。例如，流感病毒的特征是跨越多种亚型的大遗传多样性和快速的抗原漂移和转变，这对于传统的疫苗策略带来了问题。病毒的减毒或失活倾向于降低免疫应答的强度和广度，无法产生有效的针对抗原变化的保护(1-3)。先前的流行病和最近的流感爆发突出了开发引发有效免疫应答并且赋予广泛保护的安全疫苗的需要。甲型流感病毒野生型WSN/1933(H1N1)毒株在本领域是熟知的，并且完整序列可在参考文献(51)中找到。

I型干扰素(IFN)系统是先天免疫应答的主要组分(4-6)。IFN应答通过诱导数百个IFN-刺激的基因(ISG)(其中的许多具有抗病毒活性)的表达提供针对病毒感染的第一道防线(7)。IFN应答对于树突细胞成熟、B细胞和T细胞的发育、和记忆形成、连接先天免疫和适应性免疫也至关重要(8-12)。大多数病毒已经进化到有效地抑制IFN的产生和功能以允许体内复制。去除流感病毒中表征最充分的IFN调节物-即NS1蛋白-已经在1/2期临床试验中显示出疫苗候选物(delNS1)的前景(14，15)。虽然研究已经表明除NS1之外的流感病毒蛋白具有IFN-调节功能(16，17)，但全基因组鉴定和消除IFN-调节功能而不影响病毒体外复制适合度(replication fitness)仍然是有挑战性的任务。

发明概述

免疫疗法中使用的常规疫苗和/或病毒载体通常从天然分离物构建或使用现有知识再生。如下文详细讨论的，我们已经发现并且开发了一种不同的用于疫苗开发的方法，该方法涉及系统性地鉴定疫苗中使用的病原体基因组(例如，病毒诸如流感)的免疫逃逸功能，并且然后消除免疫逃逸功能同时维持或调节病毒基因组的复制适合度。虽然甲型流感被用作本发明的说明性工作实施方案，但该方法广泛适用于在各种各样的病原体中开发疫苗。