[发明专利]序列数据流的处理

权利要求书

1.一种用于处理来自排序器的流数据的方法，该方法包括：

从该排序器接收多个序列；

将该多个序列的每一个存储为数据库的数据记录，该多个序列的每一个与表示次数的计数器相关联，该关联的序列已经被排序；

从该排序器逐步接收进一步的序列作为流数据；

在接收该进一步的序列时，匹配该流数据与该数据库中该多个序列的每一个，以对该数据库的记录中该多个序列的每一个决定匹配分数；

在该匹配分数超过该数据库中的该多个序列中的一个的匹配阈值时，根据该匹配分数选择该数据库中该多个序列中的这一个；

在与选择的序列相关联的计数器值低于饱和阈值的地方，在非易失存储器上存储该进一步序列；及

在与选择的序列相关联的计数器值在高于饱和阈值的地方，则终止该进一步序列的接收。

2.如权利要求1所述的方法，其中终止该进一步序列的接收包括发送拒绝信号到该排序器，以在该排序器到达该进一步序列的终端前中止排序该进一步序列，并且在完全排序该进一步序列前允许排序接下来的序列。

3.如权利要求1或2所述的方法，其中将该序列存储为该数据库中的数据记录的条件是该匹配分数低于存储在该数据库中的序列的匹配阈值。

4.如前述权利要求任一项所述的方法，其中将该序列存储为该数据库中的数据记录包括存储从该排序器收到的电信号的数字表示。

5.如权利要求4所述的方法，其中匹配该流数据包括匹配表示该进一步序列的电信号的数字表示与存储在该数据库上的该电信号的数字表示。

6.如权利要求5所述的方法，其中决定匹配分数包括执行动态时间翘曲。

7.如权利要求6所述的方法，其中执行动态时间翘曲包括选择性计算规定范围或数值内的关联的动态规划矩阵中的单元。

8.如前述权利要求任一项所述的方法，还包括在该匹配分数超过该数据库中该多个序列中的一个的匹配阈值时，递增该多个序列中的这一个的计数器。

9.如前述权利要求任一项所述的方法，其中匹配流数据包括匹配该流数据与该数据库中该多个序列的子集，其中该子集基于计数器。

10.如权利要求9所述的方法，其中该子集包括关联的计数器高于丰度阈值的序列。

11.如前述权利要求任一项所述的方法，其中该排序器包括纳米孔。

12.如前述权利要求任一项所述的方法，还包括：

监视该数据库中的计数器决定一个或多个计数器是否超过深度阈值；以及

在决定一个或多个计数器超过深度阈值时，创建已经排序充分的序列的警报。

13.如前述权利要求任一项所述的方法，其中数据记录形成关联阵列，每个记录包括密钥/数值对，并且该数值包括序列和计数器。

14.如前述权利要求任一项所述的方法，其中接收多个序列包括采用应用程序设计接口(API)接收该多个序列。

15.如前述权利要求任一项所述的方法，其中将该序列存储为该数据库中的数据记录包括存储核酸序列的数字表示。

16.如权利要求15所述的方法，还包括接收该进一步序列的同时在该进一步序列上执行基呼叫。

17.如权利要求16所述的方法，其中决定匹配分数包括执行序列对比或比较。

18.一种用于处理来自排序器的流数据的计算机系统，该计算机系统包括：

数据端口，从该排序器接收多个序列；

数据库，将该多个序列的每一个存储为数据库上的数据记录，该多个序列的每一个与表示次数的计数器相关联，关联的序列已经被排序；

处理器：

在从排序器逐步接收进一步序列作为流数据时，匹配该流数据与该数据库的记录中多个序列的每一个，以对该数据库的记录中该多个序列的每一个决定匹配分数；

在匹配分数超过数据库中该多个序列中的一个的匹配阈值时，根据该匹配分数选择该数据库中该多个序列中的这一个；

在与选择的序列相关联的计数器值低于饱和阈值的地方，则在非易失存储器上存储该进一步序列；及

在与选择的序列相关联的计数器值高于该饱和阈值的地方，则终止该进一步序列的接收。