[发明专利]利用基于序列的排泄物微生物群落调查数据来鉴定结直肠癌的组合生物标志物

权利要求书

1.一种用于诊断对象结直肠癌(CRC)或结直肠腺瘤(CRA)的方法，包括：

获取对象的肠道样品；

处理所述肠道样品以获取16S rRNA基因序列数据；

测定肠道样品中一种或多种微生物和/或操作分类单元(OTU)的水平，包括分析16SrRNA基因序列数据；

当肠道样品中两种或更多种微生物和/或OTU的水平高于对照样品时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险；

其中，所述两种或更多种微生物和/或OTU选自表1中列出的微生物和/或OTU。

2.如权利要求1所述的方法，所述两种或更多种微生物和/或OTU选自以下OTU标识：OTU1167、OTU3191、OTU2573、OTU1044、OTU567和OTU1873。

3.如权利要求1所述的方法，所述两种或更多种微生物和/或OTU选自以下OTU标识：OTU1167、OTU2790、OTU3191和OTU1044。

4.如权利要求1所述的方法，其中，分析16S rRNA基因序列数据的步骤包括提取肠道样品中的微生物多核苷酸，对肠道样品中提取的16S rRNA多核苷酸进行测序，将对象肠道样品的16S rRNA序列与StrainSelect数据库中的参照序列进行比对，并用SS-UP执行从头聚类。

5.如权利要求4所述的方法，其中，用SS-UP分析16S rRNA基因序列数据的步骤提供微生物和/或OTU的菌株水平分辨率。

6.如权利要求4所述的方法，其中，用SS-UP分析16S rRNA基因序列数据的步骤包括用SS-UP提供至少约80％的受试者操作特征曲线下面积(AUROC)。

7.如权利要求4所述的方法，其中，相比QIIME-CR提供的物种水平分辨率，用SS-UP分析16S rRNA基因序列数据的步骤提供OTU的菌株水平分辨率。

8.如权利要求1所述的方法，其中，测定一种或多种微生物和/或OTU水平的步骤包括进行检测，所述检测包括多个寡核苷酸与表1中的OTU多核苷酸序列杂交。

9.如权利要求8所述的方法，其中，所述多个寡核苷酸包括与SEQ ID NO:1-660中至少其一选择性杂交的寡核苷酸。

10.如权利要求8所述的方法，其中，所述一种或多种微生物和/或OTU选自：OTU1167(SEQ ID NO:641-647)、OTU3191(SEQ ID NO:291-513)、OTU1873(648-654)、OTU2573(SEQID NO:8-14)、OTU567(SEQ ID NO:655-660)和OTU1044(SEQ ID NO:15-25)。

11.如权利要求8所述的方法，其中，所述一种或多种微生物和/或OTU选自：OTU1167(SEQ ID NO:641-647)、OTU3191(SEQ ID NO:291-513)、OTU2790(SEQ ID NO:191-248)和OTU1044(SEQ ID NO:15-25)。

12.如权利要求1所述的方法，其中，当肠道样品中两种或更多种微生物和/或OTU的水平比对照样品高至少约5％时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险。

13.如权利要求1所述的方法，其中，当肠道样品中一种或多种微生物和/或OTU的水平比对照样品按log₂差异倍数高至少约1.2倍时，将对象诊断为患有CRC或CRA或存在发生CRC或CRA的风险。