[发明专利]PRAEGNANT转移性乳腺癌群组中的不良结果的预后指标

说明书

将来自诊断为患有转移性乳腺癌的患者的肿瘤组织的转录组学数据聚簇，并且将该转录组学数据与这些患者的总体存活相关联。将来自与不良结果相关联的聚簇之一的基因子集用于产生存活预测模型，该存活预测模型基于多个基因的表达水平来预测存活时间。使用这样产生的存活预测模型，可以预测诊断为患有转移性乳腺癌的患者的存活时间，并且可以基于该存活时间来更新或产生治疗方案。

本申请要求2017年6月16日提交的序列号为62/521,267和2017年12月4日提交的序列号为62/594,345的我们共同未决的美国临时申请的优先权。

技术领域

本发明的领域是鉴定转移性乳腺癌的分子谱的系统和方法，其可以用于预测转移性乳腺癌患者的预后和/或存活。

背景技术

本文中的所有出版物和专利申请均通过引用并入，其程度如同每个单独的出版物或专利申请被具体地和单独地指明通过引用并入一样。在并入的参考文献中的术语的定义或用法与本文提供的该术语的定义不一致或相反的情况下，适用本文提供的该术语的定义，而不适用该术语在该参考文献中的定义。

首次诊断后，通常使用各种标准(包括分级、分期和组织病理学)对乳腺癌进行分类。近十年来，也越来越多地考虑到分子表征，并且其通常包括受体状态，特别是雌激素受体(ER)、孕酮受体(PR)和人表皮生长因子受体2(HER2)。此外，许多基于基因的测试已经常见地用于进一步将癌症亚型化。

例如，基于对观察到的对化疗的治疗反应的回顾性分析，已经努力地将三阴性乳腺癌(TNBC)细化为分子亚型，分为几个分子上不同的亚组(参见例如，PLOS ONE[公共科学图书馆综合]I DOI:10.1371/Journal.pone.0157368 2016年6月16日)。类似地，基于TNBC的五个潜在的临床可行分组定义TNBC的亚型：1)具有DNA修复缺陷或生长因子途径的基底样TNBC；2)具有上皮向间质转化和癌症干细胞特征的间充质样TNBC；3)免疫相关的TNBC；4)具有雄激素受体过表达的腔内/大汗腺TNBC；以及5)富含HER2的TNBC(参见例如，Oncotarget[癌症靶标],第6卷,第15期；第12890-12908页)。在又另一项研究中(参见例如，J Breast Cancer[乳腺癌杂志]2016年9月；19(3):223-230)，TNBC的亚型被鉴定为基底样的、间充质的、腔内雄激素受体的以及免疫富集的。在仍进一步的已知研究中，进行了表达亚型化并且在测试的患者样品中鉴定出三个亚聚簇(参见例如，Breast Cancer Research[乳腺癌研究](2015)17:43)。同样，发布了在线分类工具，以依据基因表达把TNBC分类(URL：cbc.mc.vanderbilt.edu/tnbc；Cancer Informatics[癌症信息学]2012:11147-156)，其将TNBC数据分为六个不同的亚型。

然而，在乳腺癌是转移性乳腺癌的情况下，尽管有新型靶向疗法，但是患者通常有非常不利的预后。此外，对患有晚期/转移性乳腺癌的患者的预后和预测因素尚无很好的了解。的确，尽管分子精密医学的进步表明对此患者组有巨大益处，但是并未常规地对转移背景下的患者和肿瘤进行分子评估。

因此，即使用于乳腺癌分类的各种系统和方法在本领域中是已知的，对转移性乳腺癌的分子表征仍无很好的了解。因此，仍然需要允许转移性乳腺癌的分子表征的系统和方法。

发明内容

本发明主题涉及用于使用转移性乳腺癌组织的基因表达谱来鉴定与患者的总体存活时间显著地相关联的基因聚簇的各种系统和方法。然后可以将这样鉴定的聚簇用于产生存活预测模型，该存活预测模型基于多个基因在与多位患者中的至少一些患者的不良存活相关联的至少一个聚簇中的表达水平来预测存活时间。