[发明专利]用于检测基因组变异和DNA甲基化状态的组合物和方法

权利要求书

1.一种用于分析样品中的第一靶多核苷酸序列和第二靶多核苷酸序列的甲基化状态的方法，其包含：

1)使包含多核苷酸的样品与甲基化敏感性限制酶(MSRE)接触，其中所述MSRE在未被甲基化的残基处选择性切割所述多核苷酸，或在所述残基被甲基化时在所述残基处选择性切割所述多核苷酸；

2)使用以下各项的混合物，对来自步骤1)的所述样品进行多核苷酸扩增：

i)用于扩增所述样品中的第一靶多核苷酸序列的第一引物组，和

ii)用于分析所述样品中的第二靶多核苷酸序列的甲基化状态的第二引物组，其中所述甲基化状态是所述第二靶多核苷酸序列中的残基的甲基化状态，并且所述第二引物组中的一个引物与未被切割的第二靶多核苷酸序列杂交，且与所述组中的另一个引物一起，扩增所述未被切割的序列，但不扩增被所述MSRE在所述残基处切割的所述第二靶多核苷酸序列；以及

3)对步骤2)中扩增的多核苷酸进行测序，

其中使用来自经过扩增的第一靶多核苷酸序列的测序读段来分析所述第一靶多核苷酸序列，并且通过比较来自经过扩增的第二靶多核苷酸序列的测序读段的观察数(N_o)与参考数来分析所述第二靶多核苷酸序列的所述残基的甲基化状态。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述MSRE在未被甲基化的残基处切割所述多核苷酸，且在所述残基被甲基化时不在所述残基处切割。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述方法包含对来自未与所述MSRE接触的样品的多核苷酸进行扩增和测序。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述MSRE选自由以下组成的群组：HpaII、SalI、ScrFI、BbeI、NotI、SmaI、XmaI、MboI、BstBI、ClaI、MluI、NaeI、NarI、PvuI、SacII、HhaI以及其任何组合。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中所述第一靶多核苷酸序列包含遗传或表观遗传信息，例如突变、单核苷酸多态性(SNP)、拷贝数变异(CNV)、DNA修饰如DNA甲基化和/或组蛋白修饰。

6.根据权利要求5所述的方法，其中所述突变包含点突变、插入、缺失、插入/缺失、倒位、截短、融合、易位、扩增或其任何组合。

7.根据权利要求5或6所述的方法，其中所述遗传或表观遗传信息与个体或群体中的病况或疾病相关，例如癌症相关的突变。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述第二靶多核苷酸序列在所述MSRE的识别位点内包含一个或多个CpG位点，其中在每个CpG位点处，胞嘧啶(C)包含5-甲基部分或5-氢部分。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述第二靶多核苷酸序列包含基因的调控序列，例如启动子区、增强子区、绝缘子区、沉默子区、5'UTR区、3'UTR区或剪接控制区，并且所述一个或多个CpG位点在所述调控序列内。

10.根据权利要求9所述的方法，其中所述基因与个体或群体中的病况或疾病相关，例如在癌症或肿瘤中过度表达、表达不足、组成性激活、沉默或异位表达的基因。

11.根据权利要求1至10中任一项所述的方法，其中所述样品是生物样品。

12.根据权利要求11所述的方法，其中所述生物样品来自患有或怀疑患有疾病或病况，例如癌症或肿瘤的个体。

13.根据权利要求11或12所述的方法，其中所述生物样品是包含循环肿瘤DNA(ctDNA)的样品，例如血液、血清、血浆或体液样品，或其任何组合。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述样品中的所述多核苷酸是或包含双链序列。