[发明专利]使用无细胞DNA片段大小检测肿瘤相关变体

权利要求书

1.分析无细胞DNA(cfDNA)以确定感兴趣变体的方法，所述方法在包括一个或多个处理器和系统存储器的计算机系统上实施，所述方法包括：

(a)通过一个或多个处理器，检索从测试样品获得的cfDNA片段的序列读取和片段大小；

(b)通过一个或多个处理器，将所述cfDNA片段分配到代表不同片段大小的多个箱中；和

(c)使用所述序列读取并通过一个或多个处理器，确定从多个箱中选择的优先箱集合中的感兴趣变体的等位基因频率，其中所述优先箱集合选择为：(i)限制优先箱集合中的感兴趣变体数量低于检测限的概率；(ii)增加优先箱集合中的感兴趣变体数量高于所述多个箱的所有箱的概率。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述测试样品是血浆样品。

3.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述感兴趣变体已知或疑似与癌症有关。

4.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述感兴趣变体已知或疑似与遗传疾病有关。

5.如前述权利要求中的任一项所述的方法，还包括将所述优先箱集合中的所述感兴趣变体的等位基因频率与标准进行比较，并且基于所述比较，判定所述测试样品中的所述感兴趣变体。

6.如前述权利要求中的任一项所述的方法，其中所述优先箱集合通过包括以下步骤的方法选择：

提供多个候选集合，每个候选集合包括来自多个箱的非一致箱；

对于每个候选集合，计算在建模样品中所述候选集合的箱中感兴趣变体的等位基因频率低于检测限的第一概率，其中所述建模样品包括源自具有感兴趣变体的细胞的cfDNA和源自不具有感兴趣变体的细胞的cfDNA；

对于每个候选集合，计算在所述建模样品中所述候选集合的箱中的感兴趣变体的等位基因频率高于所述建模样品中所述多个箱中的感兴趣变体的等位基因频率的第二概率；和

基于所述第一概率和所述第二概率选择候选集合作为优先集合。

7.如权利要求6所述的方法，其中所述优先集合在第一概率的值不超过标准的候选集合中具有第二概率的最大值。

8.如权利要求6所述的方法，其中所述多个候选集合是通过渴望方法获得的。

9.如权利要求8所述的方法，其中所述渴望方法包括：

获得从一个或多个已知未受感兴趣病症影响的未受影响训练样品和一个或多个已知受感兴趣病症影响的受影响训练样品中获得的cfDNA片段的序列读取和片段大小；

将从一个或多个未受影响训练样品中获得的cfDNA片段，基于其大小分配到多个箱中；

将从一个或多个受影响训练样品中获得的cfDNA片段，基于其大小分配到多个箱中；

基于一个或多个受影响训练样品的片段的频率与一个或多个未受影响训练样品的片段的频率的比率，对多个箱的每个箱进行评级；

选择具有最高评级的箱作为候选集合；

将具有下一个最高评级的箱添加到最后候选集合以提供下一候选集合；和

重复最后一步，直到添加多个箱中的所有箱，每次重复提供候选集合。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述感兴趣病症包括一种或多种癌症。

11.如权利要求10所述的方法，其中所述感兴趣病症包括与所述感兴趣变体相关的癌症。

12.如权利要求10所述的方法，其中所述受影响训练样品包括癌组织，所述未受影响训练样品包括非癌组织。