[发明专利]用于多核苷酸样品的索引的通用短衔接子

权利要求书

1.一种用于对来源于多个样品的靶核酸进行测序的方法，所述方法包括

(a)使多个索引多核苷酸与来源于所述多个样品的靶核酸接触，以生成多个索引-靶多核苷酸，其中

与来源于每个样品的靶核酸接触的索引多核苷酸包含与此样品独特地相关联的索引序列或索引序列的组合，

所述索引序列或所述索引序列的组合选自索引序列集，并且

所述索引序列集中的任何两个索引序列之间的汉明距离不小于第一标准值，其中所述第一标准值为至少2；

(b)汇集所述多个索引-靶多核苷酸；

(c)对所汇集的索引-靶多核苷酸进行测序，以获得索引序列的多个索引读段和靶序列的多个靶读段，每一个靶读段与至少一个索引读段相关联；以及

(d)使用所述索引读段来确定所述靶读段的样品来源。

2.如权利要求1所述的方法，其中所述索引序列集包含多对颜色平衡的索引序列，其中每一对颜色平衡的索引序列的相应序列位置处的任何两个碱基包括以下两者：(i)腺嘌呤(A)碱基或胞嘧啶(C)碱基，和(ii)鸟嘌呤(G)碱基、胸腺嘧啶(T)碱基或尿嘧啶(U)碱基。

3.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述索引序列集包含至少6个不同的索引序列。

4.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中使用所述索引读段来确定所述靶读段的样品来源包括：

对于每一个索引读段，获得关于所述索引序列集的比对评分，每一个比对评分指示所述索引读段的序列和所述索引序列集的索引序列之间的相似性；

基于所述比对评分确定特定索引读段与特定索引序列匹配；以及

确定与所述特定索引读段相关联的靶读段来源于与所述特定索引序列独特地相关联的样品。

5.如前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述多个索引多核苷酸包含多个索引引物，所述索引引物包含所述索引序列集中的索引序列。

6.如权利要求5所述的方法，其中每一个索引引物还包含流动池扩增引物结合序列。

7.如权利要求6所述的方法，其中所述流动池扩增引物结合序列包括P5序列或P7′序列。

8.如权利要求5所述的方法，其中来源于所述多个样品的所述靶核酸包含具有共价地附接至一个或两个末端的通用衔接子的核酸。

9.如权利要求8所述的方法，其中使所述多个索引多核苷酸与来源于所述多个样品的所述靶核酸接触包括：

使所述多个索引引物与共价地附接至所述核酸的一个或两个末端的所述通用衔接子杂交；以及

使所述多个索引引物延伸以获得多个索引-衔接子-靶多核苷酸。

10.如权利要求9所述的方法，其中所述通用衔接子和所述靶核酸是双链的，并且使所述多个索引引物与所述通用衔接子杂交包括使所述多个索引引物与所述通用衔接子的仅一条链杂交。

11.如权利要求9所述的方法，其中所述通用衔接子和所述靶核酸是双链的，并且使所述多个索引引物与所述通用衔接子杂交包括使所述多个索引引物与所述通用衔接子的两条链杂交。

12.如权利要求11所述的方法，其中与特定通用衔接子的第一链杂交的第一索引引物包含选自所述索引序列集中的第一子集的第一索引序列，并且与所述特定通用衔接子的第二链杂交的第二索引引物包含选自所述索引序列集中的第二子集的第二索引序列。