[发明专利]用于分析数据集的系统和方法在审
申请号: | 201880045660.8 | 申请日: | 2018-05-18 |
公开(公告)号: | CN110870018A | 公开(公告)日: | 2020-03-06 |
发明(设计)人: | A·Y·王;J·梅林;K·吴;P·雷夫金 | 申请(专利权)人: | 10X基因组学有限公司 |
主分类号: | G16B30/00 | 分类号: | G16B30/00;G16B25/00 |
代理公司: | 深圳市百瑞专利商标事务所(普通合伙) 44240 | 代理人: | 金辉 |
地址: | 美国加利*** | 国省代码: | 暂无信息 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 用于 分析 数据 系统 方法 | ||
1.一种系统,其包括一个或多个处理核、存储器和显示器,所述存储器存储用于执行用于使用所述一个或多个处理核分析一个或多个数据集的方法的指令,所述方法包括:
获得表示来自单个第一对象的第一多个细胞的第一数据集,其中
所述第一数据集表示第一多个克隆类型,
所述第一数据集包含所述第一多个克隆类型中的每个相应克隆类型的多个重叠群,其中所述多个重叠群中的每个相应重叠群包括:
所述相应重叠群的链类型的指示;
来自多个条形码的针对所述相应重叠群的条形码,其中所述条形码与构建所述相应重叠群的所述第一多个细胞中的相应细胞相关联;以及
所述相应细胞的mRNA的重叠群共有序列;
使用所述第一数据集确定所述第一多个克隆类型中的每个相应克隆类型的表示所述相应克隆类型的所述第一多个细胞的百分比、绝对数或比例;
在所述显示器的第一部分上提供第一二维可视化,其中所述第一二维可视化的第一轴线代表所述第一多个克隆类型中的单独克隆类型,并且所述第一二维可视化的第二轴线代表表示相应克隆类型的所述第一多个细胞的所述百分比、所述绝对数或所述比例;以及
在所述显示器的第二部分上提供所述第一多个克隆类型的列表。
2.根据权利要求1所述的系统,其中所述第一可视化为条形图。
3.根据权利要求1或2所述的系统,其中所述第一多个克隆类型中的相应克隆类型在所述二维可视化的所述第二轴线上按具有所述相应克隆类型的所述第一多个细胞的所述百分比、所述绝对数或所述比例排序。
4.根据权利要求1到3中任一项所述的系统,其中所述第一多个克隆类型中的相应克隆类型在所述列表中按具有所述相应克隆类型的所述第一多个细胞的所述百分比、所述绝对数或所述比例排序。
5.根据权利要求1到4中任一项所述的系统,其中所述第一多个细胞中的多于一个细胞具有所述第一多个克隆类型中的同一克隆类型。
6.根据权利要求1到5中任一项所述的系统,其中所述第一多个细胞中的多于十个细胞具有所述第一多个克隆类型中的同一克隆类型。
7.根据权利要求1到6中任一项所述的系统,其中所述第一多个克隆类型包括25个克隆类型,并且其中所述第一多个细胞包含所述第一多个克隆类型中的每个克隆类型的至少一个细胞。
8.根据权利要求1到6中任一项所述的系统,其中所述第一多个克隆类型包括100个克隆类型,并且其中所述第一多个细胞包含所述第一多个克隆类型中的每个克隆类型的至少一个细胞。
9.根据权利要求1到8中任一项所述的系统,其中所述第一多个细胞由来自所述单个第一对象的B细胞组成。
10.根据权利要求9所述的系统,其中所述列表包含所述第一多个克隆类型中的第一克隆类型的所述多个重叠群中的第一重叠群的以下各项:
所述第一重叠群中的V片段的标识符;
所述第一重叠群中的J区的标识符;和
所述第一重叠群中的C区的标识符。
11.根据权利要求10所述的系统,其中所述第一重叠群用于α链或γ链。
12.根据权利要求10所述的系统,其中所述第一重叠群用于β链或δ链,并且其中所述第一重叠群进一步包含所述第一重叠群中的D区的标识符。
13.根据权利要求1所述的系统,其中所述方法进一步包括:
在所述显示器上提供可供性(affordance),所述可供性允许用户将在所述第一二维可视化和所述列表中显示的克隆类型的数量限制为小于所述第一数据集中的所述第一多个克隆类型的数量。
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