[发明专利]用于预防和治疗微卫星不稳定(MSI)癌症的基于共有肿瘤新抗原的通用疫苗

权利要求书

1.一种选择移码肽的集合(CFSP)以产生通用的微卫星不稳定性(MSI)癌症疫苗肽集合(CVP)的方法，以用于预防或治疗患有癌症或具有发展成所述癌症的风险的患者，所述癌症包括遗传性和散发性微卫星不稳定性癌症，所述方法包括以下步骤：

(i)选择核酸的集合(CFSM)，每个核酸包含移码突变(FSM)，每个移码突变存在于至少M个癌症样品(CS)的一个或多于一个中，每个癌症样品的患者均不同，其中患者的癌症包括具有微卫星不稳定性表型的癌细胞；

其中所选的至少50％的移码突变满足标准(a)、(b)、(c)和(d)：

(a)移码突变存在于长度等于或大于6个核苷酸的编码基因的单核苷酸重复(MNR)中；

(b)移码突变对应于1个核苷酸的缺失；

(c)与匹配的正常样品相比，肿瘤样品中带有移码突变的DNA测序读取的数目明显更高，其中经FDR校正的Fisher检验p值等于或小于0.05；

(d)移码突变存在于匹配的正常样品中，其等位基因频率低于25％，

(ii)选择X个不同的移码肽(FSP)，其中每个选定的移码肽是包含至少4个氨基酸长度的核酸的集合的移码突变的核酸的蛋白质编码片段的完整翻译产物，所述至少4个氨基酸长度从与没有移码突变的相应野生型(wt)核酸的翻译产物不同的编码第一个氨基酸的密码子开始，

其中X为至少20，且M为至少5。

2.根据权利要求1所述的方法，其中至少50％的被选择的移码肽满足以下一个或多于一个标准：

(a)移码肽由观察到具有癌症类型特异性频率(CF)的移码突变编码，所述癌症类型特异性频率(CF)是对于特定类型癌症的癌症样品子集观察到的，所述子集是M个不同癌症样品的集合的一部分，即对于癌症样品中存在的至少一种癌症类型，癌症类型特异性频率至少为5％；和/或

(b)具有编码移码肽的移码突变的基因的平均mRNA表达水平在描述癌症样品中每个蛋白质编码基因的平均mRNA表达值的分布的前80个百分点中；和/或

(c)在一组没有癌症的对象的正常组织中观察到产生移码肽的移码突变少于2％，

其中：

(i)癌症样品来自患有微卫星不稳定性肿瘤的患者；和/或

(ii)M为至少10；和/或

(iii)X为至少35。

3.根据权利要求2所述的方法，其中微卫星不稳定性肿瘤是结肠直肠癌、胃癌和/或子宫内膜癌。

4.一种确定包含在疫苗肽集合中的肽的氨基酸序列或编码包含在疫苗肽集合中的肽的核酸序列的氨基酸序列的方法，其包括以下步骤：

(a)从根据权利要求1至3中任一项所选择的移码肽的集合中选择至少Y个移码肽或其至少8个氨基酸长的片段；

(b)修饰满足以下标准的一种或多于一种或所有移码肽的氨基酸序列：(i)移码肽的长度为4个至9个氨基酸，和/或(ii)移码肽包含一种或多于一种相同的8个或多于8个氨基酸的连续片段，其存在于由相同移码突变编码的多于一种移码肽中，和/或(iii)移码肽包含一种或多于一种8个或多于8个氨基酸的连续片段，其也存在于wt人蛋白质中，

其中根据(i)的移码肽的氨基酸序列通过在移码肽的N端添加野生型(wt)氨基酸序列的1个至4个氨基酸来进行修饰，所述野生型(wt)氨基酸序列紧邻移码肽的上游，并且其中修饰的移码肽(mFSP)的长度为至少8个氨基酸；根据(ii)的移码肽的氨基酸序列通过从除最长移码肽之外的所有移码肽中除去这些连续片段来进行修饰，条件是在除去连续片段后长度少于4个氨基酸的移码肽被排除在疫苗肽集合之外；和/或根据(iii)的移码肽的氨基酸序列通过除去这些片段来进行修饰；除去连续片段后长度少于4个氨基酸的修饰的移码肽被排除在疫苗肽集合之外，

其中疫苗肽集合的氨基酸序列包含在步骤a)中选择和/或在步骤(b)中修饰的移码肽或其片段的氨基酸序列；

并且其中Y为至少20。