[发明专利]肿瘤中HLA等位基因的分析及其用途

权利要求书

1.用于测定HLA等位基因是否在受试者的肿瘤中丧失的方法，其中所述方法包括测定所述肿瘤中所述HLA等位基因的特异性拷贝数的步骤。

2.根据权利要求1的方法，其中所述方法是基于序列的方法。

3.权利要求1或权利要求2的方法，其中对来自受试者的肿瘤样品的序列信息进行所述方法。

4.权利要求3的方法，其中对来自受试者的肿瘤样品的HLA序列信息进行所述方法。

5.根据权利要求1的方法，其中所述方法包括以下步骤中的一个或多个：

(i)将来自受试者的肿瘤样品的HLA等位基因序列信息与基于所述受试者的HLA类型的HLA等位基因参考序列进行比对；

(ii)测定同源HLA等位基因中的错配位置，并测定每个HLA等位基因的错配覆盖；

(iii)基于步骤(ii)中测定的错配和覆盖测定每个HLA等位基因的比率和等位基因频率；

(iv)基于步骤(iii)中测定的比率和等位基因频率测定所述肿瘤样品中每个HLA等位基因的拷贝数。

6.根据权利要求5的方法，其中所述方法包括步骤(i)至(iv)的全部。

7.根据权利要求1至7中任一项的方法，其中通过使用由下一代测序(NGS)获得的信息来进行步骤(i)。

8.根据权利要求1至8中任一项的方法，其中使用Smith-Waterman算法或Biostrings R包来进行步骤(ii)。

9.根据权利要求1至9中任一项的方法，其中使用SAMtools进行步骤(iii)。

10.根据权利要求1至10中任一项的方法，其中使用ASCAT或FACET进行步骤(iv)。

11.根据权利要求1至10中任一项的方法，其中所述HLA序列信息是RNA序列信息或DNA序列信息。

12.治疗或预防受试者中的癌症的方法，其包括靶向新抗原(neoantigen)，所述新抗原预测由HLA等位基因编码的HLA分子呈递，所述HLA等位基因已经测定为在肿瘤中尚未丧失，其中测定所述HLA等位基因是否已经丧失包括测定所述肿瘤中所述HLA等位基因的特异性拷贝数的步骤。

13.根据权利要求12的方法，其中通过基于序列的方法来进行测定所述HLA等位基因是否已经丧失。

14.根据权利要求13的方法，其中对来自受试者的肿瘤样品的HLA序列信息进行所述方法。

15.根据权利要求12至14中任一项的方法，其中所述新抗原是克隆新抗原。

16.根据权利要求12至15中任一项的方法，其包括对所述受试者施用：

(i)新抗原，所述新抗原预测由HLA等位基因编码的HLA分子呈递，所述HLA等位基因已经测定为在肿瘤中尚未丧失；

(ii)识别新抗原的免疫细胞，所述新抗原预测由HLA等位基因编码的HLA分子呈递，所述HLA等位基因已经测定为在肿瘤中尚未丧失；或

(iii)识别新抗原的抗体，所述新抗原预测由HLA等位基因编码的HLA分子呈递，所述HLA等位基因已经测定为在肿瘤中尚未丧失。

17.根据权利要求16的方法，其中所述免疫细胞是T细胞、B细胞或树突细胞。

18.根据权利要求17的方法，其中所述免疫细胞是T细胞。