[发明专利]生物标志物及其用途

权利要求书

1.一种鉴定、部分鉴定或分类样品中的至少一种细菌、酵母生物或丝状真菌的方法，所述方法包括分析来自所述样品的至少一部分细菌16S rRNA基因或基因产物或来自所述样品的至少一部分酵母生物或丝状真菌18S rRNA基因或基因产物中存在或不存在至少一个单核苷酸多态性(SNP)，

其中所述至少一部分细菌16S rRNA基因或基因产物中的所述至少一个SNP处在与SEQID NO:1中所示的16S rRNA基因的位置273、378、412、440、488、647、653、737、755、762和776中的至少一者相对应的位置；

其中基于所述至少一个SNP的存在或不存在，鉴定、部分鉴定或分类所述样品中的所述至少一种细菌、酵母生物或丝状真菌。

2.一种鉴定、部分鉴定、分类或诊断受试者中的细菌、酵母生物或丝状真菌感染的方法，所述方法包括分析来自所述受试者的样品中的至少一部分细菌16S rRNA基因或基因产物中或至少一部分酵母生物或丝状真菌18S rRNA基因或基因产物中存在或不存在至少一个单核苷酸多态性(SNP)；

其中所述至少一部分细菌16S rRNA基因或基因产物中的所述至少一个SNP处在与SEQID NO:1中所示的16S rRNA基因的位置273、378、412、440、488、647、653、737、755、762和776中的至少一者相对应的位置；

其中所述至少一个SNP在所述至少一部分16S rRNA基因或基因产物中或在所述至少一部分18S rRNA基因或基因产物中的存在或不存在被用于鉴定、部分鉴定、分类或诊断所述受试者中的所述细菌、酵母生物或丝状真菌感染。

3.一种治疗患有细菌、酵母生物或丝状真菌感染的受试者的方法，所述方法包括：

根据权利要求2的方法鉴定、部分鉴定、分类或诊断受试者中的细菌、酵母生物或丝状真菌感染，以鉴定、部分鉴定、分类或诊断所述受试者中的所述细菌、酵母生物或丝状真菌感染；

向所述受试者施用用于治疗所述受试者中的所述细菌、酵母生物或丝状真菌感染的疗法或治疗剂。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述样品是包括痰、血液、脑脊髓液或尿液的生物样品。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中分析步骤包括使用高分辨率熔解分析、5'核酸酶消化、分子信标、寡核苷酸连接、微阵列、限制性片段长度多态性、抗体检测方法、直接测序或其任何组合来确定所述至少一个SNP的存在或不存在。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述方法还包括确定所述至少一种细菌、酵母生物或丝状真菌是否对治疗剂具有抗性的步骤。

7.一种鉴定样品中的至少一种细菌的方法，所述方法包括对来自所述样品的核酸分析细菌16S rRNA基因中的处在与SEQ ID NO:1所示的16S rRNA基因的位置273、378、412、440、488、647和653中的至少一者相对应的位置上的至少一个SNP，其中基于所述至少一个SNP的存在鉴定所述至少一种细菌。

8.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述至少一部分细菌16S rRNA基因或基因产物中的所述至少一个SNP处在与SEQ ID NO:1中所示的16S rRNA基因的位置737、755、762和776中的至少一者相对应的位置。

9.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述至少一部分酵母生物或丝状真菌18S rRNA基因或基因产物中的所述至少一个SNP处在与SEQ ID NO:37中所示的18S rRNA基因或基因产物的位置343、371、388、416和467中的至少一者相对应的位置。