[发明专利]高通量多核苷酸文库测序和转录组分析

权利要求书

1.一种产生多核苷酸文库的方法，所述方法包括在与第一衔接子相对的末端处或附近向多个单链条码化多核苷酸中的每一个添加第二衔接子，所述第一衔接子与所述单链条码化多核苷酸中的每一个附接，其中所述第一衔接子包含容器条码并且所述多个单链条码化多核苷酸包含：

(i)一个或多个靶单链多核苷酸，所述一个或多个靶单链多核苷酸包含在细胞群的细胞中存在的一个或多个靶多核苷酸或其一个或多个互补体的扩增子；以及

(ii)单链多核苷酸的集合，所述单链多核苷酸各自包含所述细胞群的细胞中的多核苷酸或其互补体的扩增子；并且

其中来自所述细胞群的同一细胞的来自(i)和(ii)的多核苷酸中的每一个包含相同的容器条码序列。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个单链条码化多核苷酸包含所述细胞群中的多个细胞的(i)和(ii)的多核苷酸。

3.根据权利要求1或权利要求2所述的方法，其中所述多个单链条码化多核苷酸中的每一个还包含对于每个单链多核苷酸或其扩增产物而言独特的分子条码。

4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中来自所述细胞群的每个细胞的单链条码化多核苷酸的所述集合共同包含转录组或部分转录组的互补DNA(cDNA)链。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述转录组或所述部分转录组共同包含在所述细胞的基因组中存在的至少60％、70％、75％、80％、85％90％95％、96％、97％、98％、99％或100％的转录物。

6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述单链条码化多核苷酸中的每一个具有大于或大于约50个碱基对、100个碱基对或200个碱基对的大小。

7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中所述单链条码化多核苷酸中的每一个具有从或从约50个碱基对(bp)至1500bp、50bp至1250bp、50bp至1000bp、50bp至750bp、50bp至500bp、100bp至1500bp、100bp至1250bp、100bp至1000bp、100bp至750bp、100bp至500bp、200bp至1500bp、200bp至1250bp、200bp至1000bp、200bp至750bp或250bp至500bp的大小。

8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中添加所述第二衔接子在包含所述多个单链条码化多核苷酸的均质混合物中进行。

9.一种产生多核苷酸文库的方法，所述方法包括：

(a)裂解多个容器中的每一个内的细胞，其中所述容器中的每一个包含来自细胞群的细胞；

(b)在每个容器中产生多个互补多核苷酸，所述产生包括(i)使用一个或多个靶特异性引物产生与所述细胞中存在的一个或多个靶多核苷酸互补的一个或多个靶多核苷酸；并且(ii)产生多核苷酸的集合，所述多核苷酸中的每一个与所述细胞中的多核苷酸转录物互补。

10.根据权利要求9所述的方法，其中(ii)中的多核苷酸的所述集合是使用随机寡聚引物产生的。