[发明专利]用于鉴别诊断的免疫特征

说明书

所公开的实施方案涉及用于提供对自身免疫疾病的鉴别诊断的方法、装置和系统，所述自身免疫疾病包括系统性红斑狼疮(SLE)和类风湿性关节炎(RA)。所公开的实施方案提供了自身免疫疾病彼此之间的鉴别诊断，自身免疫疾病与其它自身免疫疾病之间的鉴别诊断，以及自身免疫疾病与未被分类为自身免疫疾病但表现出通常与自身免疫疾病相关的症状的模拟疾病状况之间的鉴别诊断。

交叉引用

本申请要求2017年6月19日提交的第62/522,052号美国临时申请、2017年6月20日提交的第62/522,636号美国临时申请和2017年11月3日提交的第62/581,581号美国临时申请的权益，所述临时申请中的每一个均通过引用整体并入本文。

背景技术

检测和诊断免疫介导的病症，如自身免疫病症，具有挑战性，患者很难获得准确或正确的诊断。在许多情况下，由于这些疾病的性质密切相关，患者经常被误诊为其它自身免疫状况。目前还没有可靠的生物标志物可用于检测和评估自身免疫疾病或病症。

发明内容

本文公开了用于在患有或疑似患有自身免疫疾病的受试者中提供自身免疫疾病的鉴别诊断的方法、装置和系统。另外，提供了用于鉴定候选生物标志物的方法、装置和系统，所述生物标志物包括对自身免疫疾病的诊断、预后、监测、活动性和筛查和/或作为治疗自身免疫疾病的治疗性靶标有用的蛋白质生物标志物。

在一些情况下，提出了用于对包括系统性红斑狼疮(SLE)、类风湿性关节炎(RA)、舍格伦病(SS)、硬皮病、骨关节炎(OA)和纤维肌痛(FM)在内的自身免疫疾病进行鉴别诊断的方法、装置、系统和试剂盒。所公开的实施方案提供了自身免疫疾病之间的鉴别诊断，以及自身免疫疾病与未被分类为自身免疫疾病但表现出通常与某些自身免疫疾病相关的症状的模拟疾病状况之间的鉴别诊断。模拟疾病状况的非限制性实例包括骨关节炎和纤维肌痛，其在症状上与自身免疫疾病如SLE和RA重叠。另外，提出了用于从获自包括其它自身免疫疾病和非自身免疫疾病的混合状况群体的样品中鉴别诊断包括SLE和RA在内的自身免疫疾病的方法、装置和系统。在一些情况下，该混合群体还包括来自健康受试者的样品。还提供了区分不同状况的候选生物标志物。

在一个实施方案中，本文公开了用于进行自身免疫疾病的鉴别诊断的方法、装置、系统和试剂盒，所述方法包括：一种进行自身免疫疾病的鉴别诊断的方法，所述方法包括：(a)使来自受试者的样品与包含至少10,000个不同肽的肽阵列接触；(b)检测所述样品中存在的抗体与所述阵列上的至少25个肽的结合，以获得结合信号的组合；以及(c)将结合信号的所述组合与一组或多组参考结合信号的组合进行比较，其中所述组参考结合信号组合中的至少一个从已知患有与所述受试者的自身免疫疾病不同的疾病的多个参考受试者获得，以便能够鉴别诊断所述受试者的自身免疫疾病，其中该方法性能的特征在于所述自身免疫疾病与每组参考结合信号组合之间的受试者工作特征(ROC)曲线下面积(AUC)大于0.6。在一些情况下，本文公开的方法、系统和装置，所述方法进一步包括：(i)鉴定区别性参考结合信号的组合，其中所述区别性参考结合信号将来自已知患有所述自身免疫疾病的参考受试者的样品与来自已知患有与所述自身免疫疾病不同的所述疾病的参考受试者的样品区分开；以及(ii)对以上步骤1(c)中公开的方法、系统和装置施加区别性参考结合信号的所述组合，以便能够进行所述自身免疫疾病的鉴别诊断。在另外其它的情况下，区别性参考结合信号的所述组合中的每一个是通过检测来自所述多个参考受试者中的每个受试者的样品中存在的抗体与以上公开的方法、系统和装置的步骤(a)中包含至少10,000个不同肽的肽阵列上的所述至少25个肽的结合而获得的。