[发明专利]利用不含细胞的病毒核酸改善癌症筛选

说明书

可分析生物样本混合物中不含细胞的DNA分子以检测病毒DNA。可测定病毒基因组中一个或多个位点处病毒DNA分子的甲基化。可依据在特定病毒基因组的一组位点处甲基化的多个不含细胞的DNA分子的一个或多个量来测量混合物甲基化程度。可依各种方式测定混合物甲基化程度，例如：依在一个位点处或跨越多个位点或区域甲基化的不含细胞的DNA分子的密度形式测定。可比较混合物甲基化程度与参考甲基化程度，例如由至少两个其它个体群组测定。群组可具有与特定病毒基因组相关联的不同类别(包括第一病状)。第一分类可依据比较来测定个体是否是具有第一病状。

相关申请案的交叉引用

本申请案要求2017年7月26日提交的题为“利用不含细胞的病毒核酸改善癌症筛选(Enhancement Of Cancer Screening Using Cell-Free Viral Nucleic Acids)”的美国临时申请案第62/537,328号的优先权且为其非临时版本，其全部内容以引用的方式并入本文中以用于所有目的。

背景技术

肿瘤细胞释放肿瘤衍生的DNA进入血流的发现已激发能够使用不含细胞的样本(例如血浆)测定个体的肿瘤的存在、位置和/或类型的非侵袭性方法的开发。许多肿瘤如果在出现早期检测到，则为可治愈的。然而，当前方法可能缺乏在早期检测肿瘤的灵敏度和/或特异性，且可能产生许多假阳性或假阴性结果。举例来说，某些病毒与癌症相关联，但可在没有患有癌症的个体中检测到病毒DNA，由此产生假阳性结果。

测试的灵敏度可指病状呈阳性的个体针对所述病状测试呈阳性的可能性。测试的特异性可指病状呈阴性的个体针对所述病状测试呈阴性的可能性。灵敏度和特异性问题可能在用于肿瘤早期检测的分析法中被放大，例如因为进行此类肿瘤检测方法的样本可能具有相对较少量的肿瘤衍生的DNA，且因为病状本身在早期测试的个体当中可能具有相对较低的流行率。因此，对肿瘤检测具有较高灵敏度和/或特异性的方法存在临床需求。

发明内容

实施例提供用于分析个体的生物样本的系统、设备和方法，例如在动物界(如人类)中。可分析生物样本混合物中不含细胞的DNA分子以检测病毒DNA，例如通过测定特定病毒基因组中的位置。可测定病毒基因组中的一个或多个位点处病毒DNA的甲基化状态。可依据特定病毒基因组在一组一个或多个位点甲基化的多个不含细胞的DNA分子的一个或多个量来测量混合物甲基化程度。可以各种方式测定混合物甲基化程度，例如以特定位点处或跨越多个位点和潜在地跨越多个区域(各自包括一个或多个位点)甲基化的不含细胞的DNA分子的百分比/密度形式。

可比较混合物甲基化程度与参考甲基化程度，例如由至少两个其它个体群组测定。群组可具有与特定病毒基因组相关联的不同类别(包括第一病状)。其它群组可对应于其它病状。比较可以多种方式进行，例如通过形成N个甲基化含量的多维点和测定与N个参考甲基化程度的差异。可依据比较来测定个体是否是具有第一病状的第一类别。

本发明的这些和其它实施例详细描述于下文中。举例来说，其它实施例是针对与本文中所描述的方法相关联的系统、装置和计算机可读介质。

可参考以下具体实施方式和随附图式来获得对本发明的实施例的性质和优点的更好理解。

附图说明

图1展示根据本发明的实施例的用于靶向亚硫酸氢盐测序的捕捉探针的设计。

图2展示根据本发明的实施例的患有传染性单核细胞增多症、鼻咽癌(NPC)和自然杀手(NK)-T细胞淋巴瘤的患者中跨越EB病毒(Epstein-Barr virus；EBV)基因组的CpG位点的甲基化概况。

图3展示根据本发明的实施例的一名来自筛选群组的患有早期NPC(第I阶段)的患者(AL038)中血浆EBV DNA的甲基化概况。

图4展示根据本发明的实施例的患有不同病状的两名患者之间的跨越EBV基因组的CpG位点的甲基化密度的差异。