[发明专利]用于靶向核酸编辑的基于CRISPR/CAS-腺嘌呤脱氨酶的组合物、系统和方法

权利要求书

1.一种用于定点碱基编辑的工程化组合物，所述工程化组合物包含靶向结构域和腺苷脱氨酶或其催化结构域。

2.如权利要求1所述的组合物，其中所述靶向结构域是寡核苷酸结合结构域。

3.如权利要求1或2所述的组合物，其中所述腺苷脱氨酶或其催化结构域包含一个或多个突变，相对于野生型，所述一个或多个突变提高了所述腺苷脱氨酶的活性或特异性。

4.如权利要求1或2所述的组合物，其中所述腺苷脱氨酶包含一个或多个突变，相对于野生型，所述一个或多个突变改变了所述腺苷脱氨酶的功能性，优选地是所述腺苷脱氨酶使胞苷脱氨基的能力。

5.如前述权利要求中任一项所述的组合物，其中所述靶向结构域是CRISPR系统，所述CRISPR系统包含CRISPR效应蛋白或其保留DNA和/或RNA结合能力的片段，和指导分子。

6.如权利要求5所述的组合物，其中所述CRISPR系统是无催化活性的。

7.如权利要求5或6所述的组合物，其中所述CRISPR系统包含RNA结合蛋白，优选地是Cas13，优选地是所述Cas13蛋白是Cas13a、Cas13b或Cas13c，优选地是其中所述Cas13是表1、表2、表3、表4或表6中任一项所列出的Cas13，或者是来自表1、表2、表3、表4或表6中任一项所列出的细菌种类，优选地是其中所述Cas13蛋白是普雷沃氏菌属种P5-125 Cas13b、咽喉卟啉单胞菌Cas13b或鸭疫里默氏杆菌Cas13b；优选地是普雷沃氏菌属种P5-125 Cas13b。

8.如权利要求5、6或7所述的组合物，其中所述指导分子包含指导序列，所述指导序列能够与包含腺嘌呤的靶RNA序列杂交以形成RNA双链体，其中所述指导序列在对应于所述腺嘌呤的位置处包含非配对胞嘧啶，导致在所形成的RNA双链体中出现A-C错配。

9.如权利要求7所述的组合物，其中所述Cas13蛋白是Cas13a蛋白，并且所述Cas13a在源自韦德纤毛菌的Cas13a蛋白的两个HEPN结构域中，特别是在位置R474和R1046处，或在Cas13a直系同源物的其相应氨基酸位置处包含一个或多个突变，或者其中所述Cas13蛋白是Cas13b蛋白，并且所述Cas13b在源自动物溃疡伯格菌ATCC43767的Cas13b蛋白的位置R116、H121、R1177、H1182中的一个或多个位置处包含突变，优选地是R116A、H121A、R1177A、H1182A，或在Cas13b直系同源物的其相应氨基酸位置处包含突变，或者其中所述Cas13蛋白是Cas13b蛋白，并且所述Cas13b在源自普雷沃氏菌属种P5-125的Cas13b蛋白的位置R128、H133、R1053、H1058中的一个或多个位置处，优选地是在位置H133和H1058处包含突变，优选地是H133A和H1058A，或在Cas13b直系同源物的其相应氨基酸位置处包含突变。

10.如权利要求7所述的组合物，其中所述Cas13，优选地是Cas13b，被截短，优选地是在C端被截短，优选地是其中所述Cas13是相应野生型Cas13的截短功能变体，任选地其中所述截短Cas13b由普雷沃氏菌属种P5-125 Cas13b的nt 1-984或Cas13b直系同源物或同系物的相应nt编码。

11.如权利要求7所述的组合物，其中所述Cas13是无催化活性的Cas13，优选地是Cas13b6。

12.如权利要求10所述的组合物，其中所述指导序列具有能够与所述靶序列形成所述RNA双链体的约20-53nt、优选25-53nt、更优选29-53nt或40-50nt的长度，并且/或者其中所述指导序列的所述非配对C与5'末端之间的距离是20-30个核苷酸。