[发明专利]使用甲基化组分析进行癌症检测和分类

权利要求书

1.一种在受试者中检测来自癌细胞的DNA的存在的方法，包括：

(a)提供来自受试者的无细胞DNA的样品；

(b)使所述样品进行文库制备以允许随后对所述无细胞甲基化DNA进行测序；

(c)向所述样品中加入第一量的填充DNA，其中至少一部分的所述填充DNA是甲基化的，然后可选地使所述样品变性；

(d)使用对甲基化多核苷酸具有选择性的结合剂捕获无细胞甲基化DNA；

(e)对所捕获的无细胞甲基化DNA进行测序；

(f)比较所捕获的无细胞甲基化DNA的序列与来自健康和癌症个体的对照无细胞甲基化DNA序列；

(g)如果所捕获的无细胞甲基化DNA与来自癌症个体的无细胞甲基化DNA序列的一个或多个序列之间在统计学上具有显著相似性，则识别来自癌细胞的DNA的存在。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品来自所述受试者的血液或血浆。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中比较步骤(f)基于使用统计分类器的拟合。

4.根据权利要求3所述的方法，其中所述分类器是机器学习得出的。

5.根据权利要求4所述的方法，其中所述分类器是弹性网分类器、套索、支持向量机、随机森林或神经网络。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中来自健康和癌症个体的所述对照无细胞甲基化DNA序列包含在健康和癌症个体之间的差异性甲基化区域(DMR)的数据库中。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中来自健康和癌症个体的所述对照无细胞甲基化DNA序列限于在源自无细胞DNA的DNA中的在健康和癌症个体之间是差异性甲基化的那些对照无细胞甲基化DNA序列。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述对照无细胞甲基化DNA序列在源自血浆的DNA中在健康和癌症个体之间是差异性甲基化的。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述样品具有小于100ng、75ng或50ng的无细胞DNA。

10.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述第一量的填充DNA包含约5％、10％、15％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或100％的甲基化填充DNA，其余为未甲基化的填充DNA，优选地为5％至50％、10％至40％或15％至30％的甲基化填充DNA。

11.根据权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述第一量的填充DNA为20ng至100ng，优选为30ng至100ng，更优选为50ng至100ng。

12.根据权利要求1至11中任一项所述的方法，其中来自所述样品的所述无细胞DNA和所述第一量的填充DNA一起包含至少50ng的总DNA，优选至少100ng的总DNA。

13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中所述填充DNA的长度为50bp至800bp，优选为100bp至600bp，并且更优选为200bp至600bp。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述填充DNA是双链的。

15.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中所述填充DNA是垃圾DNA。

16.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述填充DNA是内源性或外源性DNA。

17.根据权利要求16所述的方法，其中所述填充DNA是非人类DNA，优选为λDNA。