[发明专利]从PCR后的独特分子标识符频率估算PCR前的片段数

权利要求书

1.评估样品中核酸拷贝数的方法，包括以下步骤：

a)提供包含待确定拷贝数的核酸的样品；

b)将变量标签附着于所述核酸；

c)通过核酸复制程序扩增所述带标签的核酸；

d)确定扩增的带标签核酸拷贝的量，对于带不同标签的核酸拷贝，确定它们各自的量；和

e)基于步骤d)确定的量评估步骤a)的样品中的核酸拷贝数，方法是

针对样品中至少两种、优选至少四种、至少十种以上的不同种类核酸，使标签对每种核酸的附着概率近似化：对扩增后不同种类核酸的这样一种标签的量求平均值；和反复地或逐步地

(A)

优化基于步骤d)中不同标签的测得数量预期的样品中核酸拷贝数，以及根据标签附着至一种核酸拷贝的概率预期的附着至一种核酸的不同标签的数量，以及样品中核酸拷贝的预期数量或估计扩增效率的先前迭代或预设值；

或

(B)

(i)基于步骤d)确定的量，所述标签附着至一种核酸的概率，估计的扩增效率或样品中预期的核酸拷贝数，并基于在所述估计扩增效率下、每复制一个循环、核酸复制程序中扩增的带标签核酸拷贝的预期复制，对扩增的带指定标签核酸拷贝的量的概率分布建模，

(ii)根据带标签核酸拷贝的模型化概率分布，确定带标签核酸拷贝出现确定量的可能性，

(iii)通过改变估计扩增效率或样品中核酸拷贝的预期数量，使步骤(ii)的可能性最大化，

(iv)根据所述最大化模型、或根据在该最大化模型中估计的扩增效率，评估样品中的核酸拷贝数。

2.权利要求1的方法，其中在步骤A)中用于样品中核酸拷贝预期数的第一次迭代的预设值，估计的扩增效率选自步骤d)中不同标签的数量的测量值或从1到所确定的扩增核酸的拷贝的量而取整数。

3.权利要求1的方法，其中在步骤B)中，扩增的带标签核酸拷贝的预期复制在高斯、负二项式、伽马、狄拉克德尔塔或高尔顿-沃森复制概率函数或其混合体中建模。

4.权利要求1至3任一项的方法，其中

标签附着于核酸的概率根据式(12)、式(45)或式(46)来确定；和/或

估计扩增效率或样品中预期的核酸拷贝数通过按式(27)进行转换而互换地使用；和/或

在步骤A)中，扩增的带指定标签核酸拷贝的量的概率分布根据式(5)，优选式(4)和式(5)，来确定；或

在步骤B)中，扩增的带指定标签核酸拷贝的量的概率分布根据式(25)来确定。

5.权利要求1至4任一项的方法，其中，在所述核酸复制过程中带标签核酸的扩增效率并非100％，优选对于不同种类的核酸拷贝而言是不同的。

6.权利要求1至5任一项的方法，其中至少20个，优选地至少30个，更优选地至少40个不同标签附着于所述核酸。

7.权利要求1至6任一项的方法，其中，所述核酸是DNA或RNA。

8.权利要求1至7任一项的方法，其中，所述扩增方法是PCR。

9.权利要求1至8任一项的方法，其中，所述扩增进行至少1个，优选2、3、4、5、6、7、8或更多个重复循环。

10.权利要求1至9任一项的方法，其中，建模包括使用随机分支模型。

11.权利要求1至10任一项的方法，其中，进一步的迭代是基于至少2个先前的迭代，并且其中，该进一步迭代的估计扩增效率或样本中核酸拷贝预期数量是有间隔地选出，其包括，根据带标签核酸拷贝的模型化概率分布而在所述间隔内出现带标签核酸拷贝的确定量的可能性，并且其中，根据带标签核酸拷贝建模所得概率分布而在所述间隔内出现带标签核酸拷贝的确定量的最高可能性是所述间隔的边界。