[发明专利]疾病相关的微生物组表征过程

说明书

用于表征一种或多种微生物有关状况的方法和/或系统的实施方式可以包括：确定与受试者集合相关联的微生物数据集；和使用微生物组表征模块集合，应用分析技术以基于微生物数据集针对一种或多种微生物有关状况执行表征过程。

相关申请的交叉引用

本申请要求2017年11月6日提交的美国临时申请序列号62/582,191、2017年8月14日提交的美国临时申请序列号62/545,039以及2018年4月16日提交的美国临时申请序列号62/658,308的权益，其全部内容通过引用各自结合到本文中。

技术领域

本公开一般涉及基因组学和微生物学。

背景技术

微生物组可以包括与生物体相关的共栖(commensal)、共生(symbiotic)和病原微生物的生态群落。人类微生物组的表征是一个复杂的过程。人类微生物组包括是人类细胞的10倍以上的微生物细胞，但是例如由于样品处理技术、遗传分析技术和用于处理大量数据的资源有限，人类微生物组的表征仍处于初期阶段。目前的知识已经清楚地建立了与多种健康状况的微生物组关联的作用，并已成为宿主遗传和环境因素对人类疾病发展的日益重视的媒介。怀疑微生物组在许多健康/疾病有关状态(例如，分娩准备、糖尿病、自身免疫性障碍、胃肠障碍、类风湿性障碍、神经障碍，等)中起到至少部分作用。此外，微生物组可以介导环境因素对人类、植物和/或动物健康的影响。考虑到微生物组在影响受试者健康方面深刻启示，应该追寻与微生物组表征、从表征中产生见解以及产生配置为矫正生态失调状态的治疗有关的工作。然而，用于分析人类微生物组和/或基于所获得的见解提供治疗措施的当前方法和系统留下了许多未回答的问题。

这样，在微生物学领域中需要一种新的且有用的方法和/或系统，用于表征、监测、诊断和/或干预一种或多种与微生物有关的健康状况和/或相关联的关系(例如，与微生物和/或状况等相关的特定特征)，例如用于个体化用途和/或全人群用途。

附图说明

图1包括方法的实施方式的变型的流程图表示；

图2包括方法和系统的实施方式的变型的表示；

图3包括用于在方法的实施方式中生成表征模型的过程的变型；

图4包括在方法的实施方式中基于益生菌疗法操作的机制的变型；

图5包括在方法的实施方式中样品处理的变型；

图6包括通知提供的实施例；

图7包括方法的实施方式的变型的示意性表示；

图8A-8C包括利用模型执行表征过程的变型；

图9包括推广方法的实施方式的变型中的疗法；

图10包括微生物组表征模块的变型；

图11包括微生物组表征模块的变型；

图12包括微生物组表征模块的变型；

图13包括微生物组表征模块的变型；

图14包括微生物组表征模块的变型；

图15包括微生物组表征模块的变型；

图16包括微生物组表征模块的变型；

图17包括多位点分析的变型；

图18包括维恩图(Venn Diagram)的特定实施例，其具有来自用于肠道取样位点的不同统计技术(例如，单变量统计技术)的结果的比较；

图19包括从分析模块B的应用获得的降维(dimensionality reduction)的表示的特定实施例，各微生物组子系统被检测为由不同灰度级的颜色表示，并且相关模块由实心黑线表示；