[发明专利]修饰基因组的组合物和方法

权利要求书

1.一种修饰真核细胞基因组中靶位点的核苷酸序列的方法，其包括：

向所述真核细胞中引入

(i)靶向DNA的RNA，或编码靶向DNA的RNA的DNA多核苷酸，其中所述靶向DNA的RNA包括：(a)第一区段，其包含与靶DNA中序列互补的核苷酸序列；和(b)第二区段，其与Cms1多肽相互作用；和

(ii)Cms1多肽或编码Cms1多肽的多核苷酸，其中所述Cms1多肽包含：(a)结合RNA的部分，其与靶向DNA的RNA相互作用；和(b)活性部分，其显示定点酶促活性，

其中，所述Cms1多肽与选自下组的序列具有至少95％同一性：SEQ ID NO:20-23、30-69、208-211和222-254，并且具有Cms1核酸酶活性，其中所述方法在所述靶位点处修饰所述核苷酸序列，并且其中，真核细胞的所述基因组是核、质体或线粒体基因组。

2.一种修饰原核细胞基因组中靶位点的核苷酸序列的方法，其包括：

向所述原核细胞中引入

(i)靶向DNA的RNA，或编码靶向DNA的RNA的DNA多核苷酸，其中所述靶向DNA的RNA包括：(a)第一区段，其包含与靶DNA中序列互补的核苷酸序列；和(b)第二区段，其与Cms1多肽相互作用；和

(ii)Cms1多肽或编码Cms1多肽的多核苷酸，其中所述Cms1多肽包含：(a)结合RNA的部分，其与靶向DNA的RNA相互作用；和(b)活性部分，其显示定点酶促活性，

其中，所述Cms1多肽与选自下组的序列具有至少95％同一性：SEQ ID NO:20-23、30-69、208-211和222-254，并且具有Cms1核酸酶活性，其中，原核细胞的所述基因组是染色体、质体或其它胞内DNA序列，并且其中，所述原核细胞不是编码所述Cms1多肽的基因的原生宿主。

3.如权利要求1所述的方法，其中，所述真核细胞是植物细胞。

4.如权利要求3所述的方法，其还包括：

在表达所述Cms1多肽并在所述靶位点处切割核苷酸序列以生成经修饰的核苷酸序列的条件下培养所述植物细胞，以产生植物；和

选择包含所述修饰的核苷酸序列的植物。

5.如权利要求1所述的方法，其中，所述Cms1多肽包含选自下组的序列：SEQ ID NO:20-23、30-69、208-211和222-254。

6.如权利要求2所述的方法，其中，所述Cms1多肽包含选自下组的序列：SEQ ID NO:20-23、30-69、208-211和222-254。

7.如权利要求1所述的方法，其中，所述修饰的核苷酸序列包括细胞基因组中异源性DNA的插入，细胞基因组中核苷酸序列的缺失，或细胞基因组中至少一个核苷酸的突变。

8.如权利要求2所述的方法，其中，所述修饰的核苷酸序列包括细胞基因组中异源性DNA的插入，细胞基因组中核苷酸序列的缺失，或细胞基因组中至少一个核苷酸的突变。

9.如权利要求1所述的方法，其中，所述修饰的核苷酸序列包括多核苷酸的插入，所述多核苷酸编码向转化的细胞赋予抗生素或除草剂耐受性的蛋白质。

10.如权利要求9所述的方法，其中，所述编码赋予抗生素或除草剂耐受性的蛋白质的多核苷酸包括SEQ ID NO:7，或编码包括SEQ ID NO:8的蛋白质。