[发明专利]选择结合试剂的方法

说明书

本文提供了用于在多种序列环境中选择结合所需肽表位的亲和试剂的方法和系统。该方法依赖于获得肽文库，并使用该肽文库选择亲和试剂，其中每个肽具有序列αXβ，其中X是所需的肽表位，其中α和β各自包含氨基酸。

交叉引用

本申请要求2017年8月18日提交的第62/547,699号美国临时申请的权益，该临时申请通过引用并入本文。

背景技术

用于生成结合试剂的选择方法一般被设计为选择对单个表位或蛋白质具有高亲和力和特异性的结合试剂。对于某些应用，选择结合多个表位的结合试剂或表征对单个蛋白质或表位没有特异性的结合试剂的结合模式可能是有用的。

发明内容

本公开提供了用于选择和表征亲和试剂的方法和系统。在一些实施方案中，本公开提供了选择亲和试剂以与多种序列环境中的表位结合的方法。本文所述的方法和系统也可用来表征亲和试剂的结合模式，以及序列环境对亲和试剂与表位的结合的影响。另外，本文描述的方法和系统可用来表征并选择跨多个表位结合的亲和试剂，如跨具有相同长度的多个表位结合。通过证明在相同长度的多个表位上的混杂性(promiscuity)，特定的亲和试剂可用于将序列鉴定为包含该特定亲和试剂所结合的多个表位中的至少一个表位。

本发明的一个方面提供了用于选择结合多种序列环境中的所需肽表位的亲和试剂的方法。该方法包括获得肽文库，每个肽具有序列αXβ和长度k，其中X是长度为m的所需肽表位。该方法还包括将所述肽文库暴露于多种特定亲和试剂。该方法还包括确定所述肽文库内哪些肽被所述特定亲和试剂结合。另外，该方法还包括如果所述特定亲和试剂与所述肽文库内超过阈值数目的肽结合，则使用所述肽文库选择所述特定亲和试剂。

本发明的一个方面提供了用于选择结合多种序列环境中的所需肽表位的亲和试剂的方法。该方法包括获得肽文库，并使用该肽文库选择亲和试剂，每个肽具有序列αXβ，其中X是所需的肽表位，并且其中α和β各自包含氨基酸。在一些情况下，α和β各自由一个氨基酸组成。在一些情况下，α和β中的至少一个包含连接体。在一些情况下，α和β中的至少一个包含修饰。在一些情况下，使用本文所述的方法选择多种亲和试剂。在一些情况下，所述所需肽表位X为2至7个氨基酸。在一些情况下，所选择的亲和试剂是适体。在一些情况下，所选择的亲和试剂是抗体。在一些情况下，所述方法进一步包括通过针对与所需表位具有相同长度的多个肽筛选所选择的亲和试剂，来表征所选择的亲和试剂的结合。在一些情况下，所述与所需表位具有相同长度的多个肽代表与所需表位具有相同长度的肽的所有可能变异的90％。在一些情况下，所述方法进一步包括通过针对多个肽筛选所选择的亲和试剂来表征所选择的亲和试剂的结合，其中所述多个肽中的每个肽包含所需表位和一个或多个侧翼残基。在一些情况下，所述方法进一步包括通过针对第二多个肽筛选所选择的亲和试剂来表征所选择的亲和试剂的结合，其中所述多个肽中的每个肽包含在表征步骤中鉴定的第二表位，和一个或多个侧翼残基。在一些情况下，所述方法进一步包括通过针对比所需表位更短的多个肽的多个子集(subset)筛选所选择的亲和试剂，来表征所选择的亲和试剂的结合。在一些情况下，所述方法进一步包括通过针对含有所述三氨基酸表位的一组蛋白质筛选所选择的亲和试剂来表征所选择的亲和试剂。在一些情况下，如果所选择的亲和试剂与超过约10％、20％、30％、40％、60％、75％或90％的所述蛋白质结合，则保留该亲和试剂。在一些情况下，所述方法进一步包括通过针对不含所述三氨基酸表位的一组蛋白质筛选所选择的亲和试剂来表征所选择的亲和试剂。在一些情况下，如果所选择的亲和试剂与少于约15％、10％、5％、1％、0.1％或0.01％的所述蛋白质结合，则保留该亲和试剂。