[发明专利]用于生物样本评定处理的应用程序开发环境

说明书

一种用于开发用于经处理生物样本的自动化评定和分析的应用程序(App)的系统和方法。获得此类样本，将其与营养培养基相结合并进行孵育。对经孵育样本进行成像且根据预定准则对图像信息进行分类。接着根据从数据库中的经分类历史图像信息得出的应用程序评估经分类图像信息。将经分类历史图像信息与经分类图像信息进行比较以经由为处理而定制的应用程序提供关于生物样本的进一步处理的指导，根据分配给图像信息的分类提供所定制的样本处理指导。

相关申请的交叉引用

本申请要求2017年10月5日提交的美国临时专利申请第62/568,579号的申请日的权益，所述美国临时专利申请的公开内容特此以引用的方式并入本文中。

背景技术

培养板的数字成像越来越受关注，例如用于微生物生长检测、菌落计数和/或识别。用于对板进行成像以用于检测微生物的系统和技术描述于PCT公开案第WO2015/114121号、第WO 2016/172527号和第WO 2016/172532号中，所述PCT公开案的全文以引用的方式并入本文中。使用此类技术(在本文中也被称为Kiestra系统)，不再需要实验室工作人员通过直接目视检查读取板。转变实验室工作流程和决策以分析培养板的数字图像也可改进效率。

尽管关于成像技术已经取得了重大发展，但仍然试图扩展此类成像技术以支持自动化工作流程和/或自动化诊断过程。在这点上，需要开发可使培养板图像的解译(例如，生长识别、物种识别、敏感性测试、抗生素敏感性分析等)自动化并确定基于自动化解译执行随后步骤的技术。然而，在标本类型和有机体分类群的多样性的情况下，用于诊断指示的自动化图像处理逻辑(例如，软件)的开发可能很耗时。

发明内容

本文中公开了一种用于评估生物标本是否存在病原体、那些病原体的身份和进行其它相关分析和评估的系统。系统的目标为分析的速度、分析的准确性和过程自动化。此类系统通常获得安置于营养培养基上且经孵育以辨别微生物生长证据的标本的数字图像，此生长提供生物样本中存在病原体的指示。此类系统在本文中描述为Kiestra系统且包含例如相机和照明系统等用以获得经孵育标本的一个或更多个图像的设备、用于标本容器(例如含有经接种涂铺培养基的皮氏培养皿)的条形码读取器等。

此类系统与一个或更多个以客户为中心的成像应用程序(成像相关App或App)通信并受所述成像应用程序控制。此类成像应用程序可为软件，其利用从一系列历史标本图像得出的数据来分析新标本图像，以便自动化识别和/或诊断疾病状态。所述应用程序可为快速标本表征和结果报告提供临床工具。所述应用程序将临床标本(来自临床站点)链接到有关标本的非患者识别事实(例如，非患者识别标本来源信息，如人口统计)、处理条件(例如，孵育时间和温度)、处理材料或环境(例如，营养培养基)和/或标本的非患者识别测试结果(无病原体生长、病原体生长或病原体的其它阳性识别、经识别的病原体的列举)。所述事实和条件在本文中统称为分析信息。以此方式分类此分析信息确保仅将最相关的历史处理信息用于开发应用程序。因此，每个开发出的应用程序都是出于狭义的目标而创建且仅在标本分类器对应于应用程序分类器时使用。如果数据并未链接到将识别患者的信息(即，患者去标识)，则为有利的。在一个实施方式中，系统自动地将标本信息和响应于某些条件的信息去标识。去标识包含提供链接到非患者识别分类信息的元数据(例如，获取标本的地理区域、标本类型等)，实际上，允许数据用于无法使患者信息保持保密的系统和方法。所述系统可包含提供图像的时间序列处理、经分类/训练和测试的诊断/评估算法和/或专家系统的应用程序。所述应用程序可包含一模块，其中所述模块可理解为出于特定目标使用例如图像元数据(元数据充当本文中所描述的分类)和规则的一个或更多个过程或算法。在一些情况下，多个模块可实施为一个包。在一些实施方式中，数据可存储于可用于开发应用程序、训练应用程序、认证应用程序、测试应用程序等的数据库中。

所述系统可提供可结合最佳实践、解决相关标本类型和自动化选取的图像分析过程。

为了显著缩短有价值的成像应用程序的上市时间，可采用多重或模块化系统。此多重系统可包含例如以下模块：