[发明专利]引物提取和克隆性检测的系统和方法

说明书

基因组数据处理系统可以被配置为处理下一代测序信息。在一个实施方案中，所述基因组数据处理系统可以从由下一代测序仪提供的序列读段确定正向和反向引物。通过确定正向和反向引物，可以改善克隆性检测的准确性。在另一个实施方案中，基因组数据处理系统可以被配置为检测遗传数据中的克隆性。

相关申请的交叉引用

本申请要求2017年10月10日提交的美国临时专利申请号62/570,549以及还有2018年7月19日提交的美国临时专利申请号62/700,794的权益和优先权，将所述专利申请中每一个的整体内容通过引用并入本文。

技术领域

本公开文本总体上涉及处理数据以从基因组数据中确定引物和检测克隆性。

背景技术

基因组数据处理可以包括使用从下一代测序仪接收的序列读段(sequence read)来检测克隆性。用于产生序列读段的引物可能不容易获得，从而使其难以确定序列读段的准确性。在一些情形中，所使用的引物可能会影响下一代测序仪检测克隆的准确性。

发明内容

在一方面，本公开文本包括计算机实施的方法，所述方法用以鉴定在样品的下一代测序中使用的测定的至少一种引物。所述方法包括：通过包括一个或多个处理器的计算机服务器从接收自所述下一代测序设备的基因组数据生成源自生物样品的多个序列读段，已经对所述生物样品用下一代测序测定的正向引物和反向引物进行处理。所述方法还包括通过所述计算机服务器通过对基因组数据库中所述多个序列读段中的每个序列读段进行查找来生成多个V-J基因区段。所述方法还包括通过所述计算机服务器比较所述多个V-J基因区段中的每个V-J基因区段与接收自所述下一代测序设备的基因组数据，以便为所述对应V-J基因区段鉴定位于所述对应V-J基因区段上游的第一数量的核苷酸、以及位于所述对应V-J基因区段下游的第二数量的核苷酸。所述方法还包括通过所述计算机服务器将所述多个V-J基因区段分组为多个组，每个组包括具有相同V-J身份的V-J基因区段。所述方法还包括，对于所述多个组中的每个组，针对所述组内的V-J基因区段，通过所述计算机服务器比对位于所述V-J基因区段下游的相应第二数量的核苷酸。所述方法还包括，对于所述多个组中的每个组，针对所述组内的V-J基因区段，通过所述计算机服务器比对位于所述V-J基因区段上游的相应第一数量的核苷酸。所述方法还包括，对于多个组中的每个组，针对位于V-J基因区段上游的所比对的相应第一数量的核苷酸，在每个核苷酸位置通过计算机服务器确定与生成正向引物共有序列的共有策略对应的核苷酸身份，并且针对位于V-J基因区段下游的所比对的相应第二数量的核苷酸，在每个核苷酸位置通过计算机服务器确定与生成反向引物共有序列的共有策略对应的核苷酸身份。所述方法还包括通过所述计算机服务器鉴定多个正向引物共有序列作为所述下一代测序测定的正向引物，并且鉴定多个反向引物共有序列作为所述下一代测序测定的反向引物。

在一些实施方案中，多个V-J基因区段中的至少一个或多个还包含多样性(D)区。在一些实施方案中，生物样品包含选自DNA和RNA的核酸。在一些实施方案中，所述核酸源自一种或多种T淋巴细胞，所述一种或多种T淋巴细胞选自CD4+辅助T细胞、CD8+细胞毒性T细胞、记忆T细胞、γ-δT细胞和调节性T细胞。在一些实施方案中，所述核酸源自一种或多种B淋巴细胞，所述一种或多种B淋巴细胞选自浆细胞、记忆B细胞、滤泡B细胞、边缘区B细胞和调节性B细胞。在一些实施方案中，所述生物样品从如下患者获得，所述患者被诊断患有、被怀疑患有淋巴增生性障碍、或处于淋巴增生性障碍的风险中。在一些实施方案中，所述淋巴增生性障碍是白血病、滤泡性淋巴瘤、慢性淋巴细胞性白血病、急性成淋巴细胞性白血病、毛细胞白血病、B细胞淋巴瘤、T细胞淋巴瘤、多发性骨髓瘤、华氏巨球蛋白血症、威斯科特-奥德里奇综合征、淋巴细胞变异型嗜酸粒细胞增多症、移植后淋巴增生性障碍、自身免疫性淋巴增生性综合征(ALPS)或淋巴样间质性肺炎。