[发明专利]通过用探针的快速切换和再杂交进行顺序杂交编条形码来多重标记分子

权利要求书

1.一种顺序杂交方法，所述方法包括：

a)使靶核酸分子与多于一种一级探针接触，其中每种一级探针包含：

与所述靶核酸分子中的互补靶序列结合的一级结合序列，和

与所述一级结合序列的一端连接的第一突出端序列，所述第一突出端序列包含一个或更多个结合靶，所述一个或更多个结合靶串联连接并且与所述一级结合序列连接；

b)使所述靶核酸分子与第一多于一种读取探针接触，其中每种读取探针包含信号部分，并且其中每种读取探针与所述多于一种一级探针中的一级探针的一个或更多个结合靶中的第一结合靶相互作用，

其中在来自所述第一多于一种读取探针中的每种读取探针与所述多于一种一级探针中的一级探针的一个或更多个结合靶中的第一结合靶相互作用后，所述信号部分能够发射第一可检测视觉信号；

c)在步骤b)之后对所述靶核酸分子成像，以便通过第一可检测视觉信号的存在来检测所述第一多于一种读取探针与所述多于一种一级探针之间的相互作用；

d)使所述靶核酸分子、所述多于一种一级探针和所述第一多于一种读取探针与包含变性剂的溶液接触，其中所述溶液与所述靶核酸分子、所述多于一种一级探针和所述第一多于一种读取探针的接触不破坏所述多于一种一级探针与所述靶核酸分子之间的相互作用；

e)使所述靶核酸分子与第二多于一种读取探针接触，其中每种读取探针包含信号部分，并且其中每种读取探针与一级探针的一个或更多个结合靶中的第二结合靶相互作用，

其中在来自所述第二多于一种读取探针中的每种读取探针与所述多于一种一级探针中的一级探针的一个或更多个结合靶中的第二结合靶相互作用后，所述信号部分能够发射第二可检测视觉信号；并且

f)在步骤e)之后对所述靶核酸分子成像，以便通过所述第二可检测视觉信号的存在来检测所述第二多于一种读取探针与所述多于一种一级探针之间的相互作用。

2.如权利要求1所述的方法，所述方法还包括：

g)使所述靶核酸分子、所述多于一种一级桥接探针和所述第二多于一种读取探针与包含变性剂的溶液接触，其中所述溶液与所述靶核酸分子、所述多于一种一级探针和所述第二多于一种读取探针的接触不破坏所述多于一种一级探针与所述靶核酸分子之间的相互作用；

h)使所述靶核酸分子与第三多于一种读取探针接触，其中每种读取探针包含信号部分，并且其中每种读取探针与一级探针的一个或更多个结合靶中的第三结合靶相互作用，

其中在来自所述第三多于一种读取探针的每种读取探针与所述多于一种一级探针中的一级探针的一个或更多个结合靶中的第三结合靶相互作用后，所述信号部分能够发射第三可检测视觉信号；并且

i)在步骤h)之后对所述靶核酸分子成像，以便通过所述第三可检测视觉信号的存在来检测所述第三多于一种读取探针与所述多于一种一级探针之间的相互作用。

3.如权利要求1或2所述的方法，其中所述多于一种一级探针中的每种一级探针还包含：

与所述一级结合序列的另一端连接的第二突出端序列，所述第二突出端序列包含一个或更多个另外的结合靶，所述一个或更多个另外的结合靶串联连接并且与所述一级结合序列连接。

4.如权利要求3所述的方法，所述方法还包括：

c1)在步骤c)之后使所述靶核酸分子与第四多于一种读取探针接触，其中每种读取探针包含信号部分，并且其中每种读取探针与所述多于一种一级探针中的一级探针的第二突出端序列的第一另外的结合靶相互作用；并且

c2)在步骤c1)之后对所述靶核酸分子成像，以便通过第四可检测视觉信号的存在来检测所述第四多于一种读取探针与所述多于一种一级探针中的一级探针的第二突出端序列之间的相互作用；

其中步骤c1)至c2)在所述方法的步骤d)之前进行。

5.如权利要求4所述的方法，所述方法还包括：

e1)在步骤e)之后使所述靶核酸分子与第五多于一种读取探针接触，其中每种读取探针包含信号部分，并且其中每种读取探针与所述多于一种一级探针中的一级探针的第二突出端序列的第二另外的结合靶相互作用；并且

e2)在步骤e1)之后对所述靶核酸分子成像，以便通过第五可检测视觉信号的存在来检测所述第五多于一种读取探针与所述多于一种一级探针中的一级探针的第二突出端序列之间的相互作用。