[发明专利]用于蛋白质鉴定的解码方法

权利要求书

1.一种鉴定未知蛋白质样品中的蛋白质的计算机实现的方法，该方法包括：

(a)通过所述计算机接收对所述样品中的所述未知蛋白质进行的多个经验测量的信息；

(b)通过所述计算机，将所述多个所述经验测量的所述信息的至少一部分与包含多个蛋白质序列的数据库进行比较，每个蛋白质序列对应于多种候选蛋白质中的候选蛋白质；以及

(c)对于所述多种候选蛋白质中的一种或多种候选蛋白质中的每一种，通过所述计算机，基于所述多个所述经验测量的所述信息的所述至少一部分与包含所述多个蛋白质序列的所述数据库的所述比较，生成以下一项或多项：

(i)所述候选蛋白质生成所述多个经验测量的所述信息的概率，

(ii)假定所述样品中存在所述候选蛋白质，未观察到所述多个经验测量的概率，以及

(iii)所述样品中存在所述候选蛋白质的概率。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个经验测量中的两个或更多个选自：

(i)一个或多个亲和试剂探针中的每一个与所述样品中所述未知蛋白质的结合测量，每个亲和试剂探针被配置为选择性地与所述多种候选蛋白质中的一种或多种候选蛋白质结合；

(ii)所述样品中的一种或多种所述未知蛋白质的长度；

(iii)所述样品中的一种或多种所述未知蛋白质的疏水性；以及

(iv)所述样品中的一种或多种所述未知蛋白质的等电点。

3.根据权利要求1所述的方法，其中生成所述多个概率进一步包括接收多个附加亲和试剂探针中的每一个的结合测量的附加信息，每个附加亲和试剂探针被配置为选择性地与所述多种候选蛋白质中的一种或多种候选蛋白质结合。

4.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括针对所述一种或多种候选蛋白质中的每一种，生成所述候选蛋白质与所述样品中的所述未知蛋白质之一相匹配的置信水平。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个亲和试剂探针包含不超过50个亲和试剂探针。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个亲和试剂探针包含不超过100个亲和试剂探针。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个亲和试剂探针包含不超过200个亲和试剂探针。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个亲和试剂探针包含不超过300个亲和试剂探针。

9.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个亲和试剂探针包含不超过500个亲和试剂探针。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个亲和试剂探针包含超过500个亲和试剂探针。

11.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括生成鉴定所述样品中的所述蛋白质的纸质或电子报告。

12.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品包括生物样品。

13.根据权利要求12所述的方法，其中所述生物样品从受试者获得。

14.根据权利要求13所述的方法，其进一步包括至少基于所述多个概率来确定所述受试者中的疾病状态。

15.根据权利要求1所述的方法，其中(c)包括对于所述多种候选蛋白质中的一种或多种候选蛋白质中的每一种，通过所述计算机生成(i)所述候选蛋白质生成所述多个经验测量的所述信息的所述概率。

16.根据权利要求1所述的方法，其中(c)包括对于所述多种候选蛋白质中的一种或多种候选蛋白质中的每一种，通过所述计算机生成(ii)假定所述样品中存在所述候选蛋白质，未观察到所述多个经验测量的所述概率。