[发明专利]用于循环微米粒子分析的方法

权利要求书

1.一种分析包含循环微米粒子的样品或衍生自循环微米粒子的样品的方法，其中所述循环微米粒子为膜状囊泡，其中所述循环微米粒子包含至少三个靶分子，其中至少两个所述靶分子是基因组DNA的片段且至少一个所述靶分子是靶多肽，且其中所述方法包含测量与每个所述靶分子的存在、不存在和/或水平对应的信号，以针对所述循环微米粒子产生至少两个连接信号的集合，其中至少一个所述连接信号对应于所述样品中的所述基因组DNA的片段的存在、不存在和/或水平，且至少一个所述连接信号对应于所述样品中的所述靶多肽的存在、不存在和/或水平，且其中测量与所述基因组DNA的片段的存在、不存在和/或水平对应的信号的步骤包含连接至少两个基因组DNA的片段中的至少两个以产生至少两个基因组DNA的连接片段的集合。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述基因组DNA的片段包含核苷酸的特定序列，和/或其中所述基因组DNA的片段包含至少一个修饰的核苷酸或核碱基，任选地，其中所述修饰的核苷酸或核碱基是5-甲基胞嘧啶或5-羟甲基胞嘧啶。

3.根据权利要求1或2所述的方法，其中所述靶多肽包含特定氨基酸序列，和/或其中所述靶多肽包含翻译后修饰，任选地，其中所述靶多肽包含乙酰化氨基酸残基和/或甲基化氨基酸残基。

4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述方法包含测量与所述循环微米粒子的每个所述靶分子的存在、不存在和/或水平对应的信号，以针对所述循环微米粒子产生至少三个连接信号的集合，其中一个所述连接信号对应于所述循环微米粒子的第一基因组DNA的片段的存在、不存在和/或水平，一个所述连接信号对应于所述循环微米粒子的第二基因组DNA的片段的存在、不存在和/或水平，且一个所述连接信号对应于所述循环微米粒子的所述靶多肽的存在、不存在和/或水平。

5.根据权利要求1至4中任一项所述的方法，其中测量与所述基因组DNA的片段的存在、不存在和/或水平对应的信号的步骤包含分析至少两个基因组DNA的片段中的至少两个中的每一个的序列，任选地，其中测量与所述基因组DNA的片段的存在、不存在和/或水平对应的信号的步骤包含对所述至少两个基因组DNA的片段中的至少两个中的每一个的至少一部分进行测序。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中测量与所述基因组DNA的片段的存在、不存在和/或水平对应的信号的步骤包含对所述集合中的至少两个所述连接片段中的每一个的至少一部分进行测序，以产生至少两个连接序列读段。

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中测量与所述基因组DNA的片段的存在、不存在和/或水平对应的信号的步骤包含：

(a)将所述循环微米粒子的所述至少两个基因组DNA的片段中的至少两个中的每一个附接至条形码序列，以产生基因组DNA的连接片段的集合；和任选地，

(b)对所述集合中的至少两个所述连接片段中的每一个的至少一部分进行测序以产生至少两个连接序列读段，其中所述至少两个连接序列读段通过所述条形码序列连接。

8.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中测量与所述基因组DNA的片段的存在、不存在和/或水平对应的信号的步骤包含：

(a)将所述循环微米粒子的所述至少两个基因组DNA的片段中的至少两个中的每一个附接至条形码序列的集合中的不同条形码序列，以产生基因组DNA的连接片段的集合；和任选地，

(b)对所述集合中的至少两个所述连接片段中的每一个的至少一部分进行测序以产生至少两个连接序列读段，其中所述至少两个连接序列读段通过所述条形码序列的集合连接。

9.根据权利要求1至8中任一项所述的方法，其中所述基因组DNA的片段包含至少一个修饰的核苷酸或核碱基，且其中测量与所述基因组DNA的片段的存在、不存在和/或水平对应的信号的步骤包含测量与所述基因组DNA的片段的所述修饰的核苷酸或核碱基的存在、不存在和/或水平对应的信号，任选地，其中所述修饰的核苷酸或核碱基是5-甲基胞嘧啶或5-羟甲基胞嘧啶。