[发明专利]MLPH基因及用作为雪峰乌骨鸡胸肌黑色素沉积相关遗传标记的方法

说明书

本发明公开了一种黑素亲和素MLPH基因及其作为雪峰乌骨鸡胸肌黑色素性状的遗传标记，通过筛选雪峰乌骨鸡MLPH基因多态性，并测定了雪峰乌骨鸡胸肌黑色素含量，然后将MLPH基因多态性与黑色素性状关联分析，发现在雪峰乌骨鸡MLPH基因内含子1上存在一处C/T碱基突变，CC基因型雪峰乌骨鸡胸肌黑色素含量显著高于其他基因型。本发明首次为雪峰乌骨鸡胸肌黑色素性状的标记辅助选择提供了分子标记。

技术领域

本发明属于雪峰乌骨鸡分子生物技术及育种领域，主要是测定与胸肌黑色素沉积相关的遗传标记，具体地说是，是测定MLPH基因中的多态性，即与雪峰乌骨鸡胸肌黑色素沉积相关黑素亲和素(MLPH)基因的单核苷酸多态性(Singlenucleotide polymorphism，缩写为SNP)的存在。

背景技术

雪峰乌骨鸡是原产于湖南省怀化市的国家级遗传资源地方品种，其肉质鲜嫩，营养丰富，具有保健功效。乌骨鸡药用价值与黑色素相关，《本草纲目》就有“其颜色愈黑者，入药愈佳”的记载，消费者也更倾向选购乌色较深的乌鸡。而雪峰乌骨鸡机体黑色素沉积个体间差异较大，乌度不均一，常规选育进程缓慢。随着生物分子技术的发展，使得我们能够从DNA水平寻找与雪峰乌骨鸡黑色素沉积相关的主效基因或分子标记，并在育种中将其应用于标记辅助选择，一提高选育进程，获得更大的经济效应。

黑素亲和素(melanophilin，MLPH)是协助黑色素小体转运的一种重要的结构蛋白。在黑色素细胞中，MLPH与三磷酸鸟苷结合蛋白(RAB27A)、肌球蛋白5a(myosin5a，MYO5A)形成复合结构连接肌球蛋白和黑色素小体，协助黑色素小体的转运，使黑素小体在黑素细胞树突末梢聚集，并释放到周围组织中沉积，调控动物皮肤和被毛的颜色。国内外大量研究表明，哺乳动物中，MLPH基因的结构突变，会引起黑色素转运机制障碍，导致黑色素无法沉积机体组织。刘杰等研究发现，MLPH基因在20周龄浙东白鹅母鹅中的表达存在组织特异性，在黑化部位眼睛中表达量最高，在背部皮肤、腹部皮肤及脚蹼中表达量较低，而在心脏、肝脏等部位未检测到表达，这种表达规律与鹅的黑色素沉着规律一致，证明了MLPH基因与黑色素沉积有关。

雪峰乌骨鸡DNA遗传标记、遗传多样性和相关功能基因的研究仍处于起步阶段，且没有关于雪峰乌骨鸡MLPH基因的报道。

发明内容

针对上述现有技术的不足，提供一种MLPH基因及其作为雪峰乌骨鸡胸肌黑色素性状遗传标记的用途；同时筛选与雪峰乌骨鸡胸肌黑色素性状相关的SNP，以期应用于标记辅助选择或标记辅助渗入，并提供上述遗传标记在雪峰乌骨鸡标记辅助选择中的应用。

本发明实施例是这样实现的，一种MLPH基因，所述基因为与表示雪峰乌骨鸡胸肌黑色素沉积相关的基因。

进一步，所述基因内含子1序列第19bp有一处碱基突变C→T。

进一步，克隆包括MLPH基因内含子1序列所用引物如下：

正向引物：5’-TCAATGCTTCCTTTCACCCAG-3’

反向引物：5’-ATCCCTTCCAACCTAAGACATCC-3’

本发明实施例的另一目的在于提供一种用MLPH基因作为雪峰乌骨鸡胸肌黑色素沉积相关遗传标记的方法，包括如下步骤：

(1)根据GenBank中鸡MLPH基因的序列，用Primer 5.0设计引物，覆盖该基因内含子1；

(2)以上述雪峰乌骨鸡基因组DNA为模板，PCR扩增，产物纯化，克隆，获得如序列表SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；

(3)鉴定该基因内含子1序列的第19碱基处是否存在多态性。

进一步，所述方法选择雪峰乌骨鸡作为研究对象，采用分子生物学的方法筛选雪峰乌骨鸡胸肌黑色素性状相关基因，其步骤如下：