[发明专利]转录组解析装置及解析方法在审
申请号: | 201910022338.X | 申请日: | 2019-01-10 |
公开(公告)号: | CN110033823A | 公开(公告)日: | 2019-07-19 |
发明(设计)人: | 近藤聪;大音德;阿部圆佳;青木直大;A·福田;广濑龙郎;永野惇 | 申请(专利权)人: | 丰田自动车株式会社;国立大学法人东京大学;国立研究开发法人农业·食品产业技术总和研究机构;学校法人龙谷大学 |
主分类号: | G16B25/10 | 分类号: | G16B25/10;G06N20/00 |
代理公司: | 中国国际贸易促进委员会专利商标事务所 11038 | 代理人: | 郑天松 |
地址: | 日本*** | 国省代码: | 日本;JP |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 数据集 转录组 解析 基因表达量 解析装置 预测式 碱基序列数据 变量数据 转录产物 随机地 正则化 削减 基因 应用 | ||
1.转录组解析装置,其具备:
数据集生成单元,其生成对于含目的变量数据和基因表达量数据的多个数据集随机地削减基因表达量数据的第1~第m的子数据集,其中m≥2,
预测式算出单元,其对于第1~第m的子数据集各自应用有正则化项的回归分析法而算出以目的变量数据作为目的变量、以基因表达量数据作为说明变量的第1~第m的预测式,及
基因列表生成单元,其生成对应于第1~第m的预测式中所含的基因表达量数据的基因的列表。
2.权利要求1所述的转录组解析装置,其特征在于,上述预测式算出单元作为上述回归分析法而应用LASSO(least absolute shrinkage and selection operator)。
3.权利要求1所述的转录组解析装置,其特征在于,上述数据集生成单元生成1000~20000轮的子数据集(m=1000~20000)。
4.权利要求1所述的转录组解析装置,其特征在于,上述基因列表生成单元基于第1~第m的预测式而算出基因的出现概率,与算出的出现概率相关联而生成基因的列表。
5.权利要求1所述的转录组解析装置,其特征在于,上述基因列表生成单元从储存了基因的注释信息的数据库读取列表中所含的基因的注释信息,与读取的注释信息相关联而生成基因的列表。
6.权利要求1所述的转录组解析装置,其特征在于,还有预测模型式生成单元,其对于由上述基因列表生成单元生成的列表中所含的多个基因,由使用上述多个数据集中所含的目的变量数据和基因表达量数据的重回归分析生成关于指定的目的变量的预测模型式。
7.转录组解析方法,其包括:
子数据集生成工序,其生成对于含目的变量数据和基因表达量数据的多个数据集随机地削减基因表达量数据的子数据集,
预测式算出工序,其对于子数据集应用正则化法而算出以目的变量数据作为目的变量、以基因表达量数据作为说明变量的预测式,及
基因列表生成工序,其将记录对应于预测式中所含的基因表达量数据的基因的基因记录工序,及上述子数据集生成工序、上述预测式算出工序及上述基因记录工序重复m次,其中m≥2,生成记录的基因的列表。
8.权利要求7所述的转录组解析方法,其特征在于,在上述预测式算出工序中,作为上述正则化法而应用LASSO(least absolute shrinkage and selection operator)。
9.权利要求7所述的转录组解析方法,其特征在于,在上述子数据集生成工序中,生成1000~20000轮的子数据集(n=1000~20000)。
10.权利要求7所述的转录组解析方法,其特征在于,在上述基因列表生成工序中,基于以第1~第m次的重复生成的第1~第m的预测式而算出基因的出现概率,与算出的出现概率相关联而生成基因的列表。
11.权利要求7所述的转录组解析方法,其特征在于,在上述基因列表生成工序中,从储存了基因的注释信息的数据库读取列表中所含的基因的注释信息,与读取的注释信息相关联而生成基因的列表。
12.权利要求7所述的转录组解析方法,其特征在于,在上述基因列表生成工序之后还有预测模型式生成工序,其对于生成的列表中所含的多个基因,由使用上述多个数据集中所含的目的变量数据和基因表达量数据的重回归分析生成关于指定的目的变量的预测模型式。
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