[发明专利]一种用于长链分子的数学序列重建方法有效

专利信息
申请号: 201910035037.0 申请日: 2019-01-15
公开(公告)号: CN109801679B 公开(公告)日: 2021-02-02
发明(设计)人: 胡洪超;舒绪刚 申请(专利权)人: 广州柿宝生物科技有限公司;仲恺农业工程学院
主分类号: G16B30/10 分类号: G16B30/10;G16B30/20
代理公司: 广州长星专利商标代理事务所(普通合伙) 44662 代理人: 梁桂萍
地址: 510000 广东省广州市黄埔区*** 国省代码: 广东;44
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摘要:
搜索关键词: 一种 用于 分子 数学 序列 重建 方法
【权利要求书】:

1.一种用于长链分子的数学序列重建方法,其特征在于,所述的序列重建方法主要包括以下步骤:

1)提供一个个体中一个待测DNA分子链;

2)将所述DNA分子打断成碎片序列,形成X个基因文库;

3)对X个基因文库的基因片段进行测序,获得X个基因文库的片段信息集合;

4)将X个基因文库的碎片进行全排列拼接,获取可能性集合;

5)对可能性集合求交集;

6)判断交集中的元素数量,通过元素数量等式:元素数量是否大于1、等于1或等于0的结果,筛选得到正确的基因序列图谱。

2.根据权利要求1所述的一种用于长链分子的数学序列重建方法,其特征在于,当所述步骤5)的交集只有一个时,所得结果为所测试分子的序列结构;否则,重复所述步骤1)-5)进行测试和计算。

3.根据权利要求1所述的一种用于长链分子的数学序列重建方法,其特征在于,所述步骤3)中,设X个基因文库分别为基因文库A、基因文库B、…、基因文库X,基因文库A的片段信息为{A1,A2,A3,…,Am},基因文库B的片段信息为{B1,B2,B3,…,Bn },基因文库X的片段信息为{X1,X2,X3,…,Xn }。

4.根据权利要求1所述的一种用于长链分子的数学序列重建方法,其特征在于,所述步骤4)中,设可能性集合分别为集合A、集合B、…、集合X,步骤5)的交集为交集G,G=A∩B∩…∩X;当G中元素数量=0,则步骤6)结果判断为X个基因文库中存在错误测序;若G中元素数量=1,则步骤6)结果判断交集G为正确的基因序列图谱;若G中元素数量1,则需要重复步骤1)-5)的测试和计算,直到G中元素数量=1时,得到正确的基因序列图谱。

5.根据权利要求1所述的一种用于长链分子的数学序列重建方法,其特征在于,所述步骤1)的DNA分子链还可以替换为单一蛋白质分子链、单一多糖链,以测定重建蛋白质、多糖序列。

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