[发明专利]一种检测健康人易感基因的方法及其应用

权利要求书

1.一种检测健康人易感基因的方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)提取健康人的基因组DNA；

(2)采用步骤(1)所得基因组DNA构建基因组测序文库；

(3)将步骤(2)构建的基因组测序文库上样至测序仪，设置测序参数，启动测序，得到健康人的全基因组测序数据，其中，测序深度为4.85～8.3倍；

(4)从GWAS Catalog数据库选取有突变位点相对危险度的记录，建成易感基因数据库，用易感基因数据库对步骤(3)所得健康人的全基因组测序数据进行易感基因注释，即得。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测序深度为6.2～7.91倍。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测序深度为7.59倍。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(1)所得基因组DNA的OD₂₆₀/OD₂₈₀比值为1.7～1.9。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(2)所得基因组测序文库的插入片段大小为100～800bp。

6.一种评估健康人患病风险的方法，其特征在于，包括如下步骤：

1)以权利要求1中健康人的全基因组测序数据为基础数据进行本地化GATK4分析，得到健康人的突变SNP位点和/或INDEL位点，其中，参考基因组为hg38，突变位点数据库为dbsnp146；

2)对步骤1)所得突变SNP位点和/或INDEL位点过滤，只保留filter列为PASS的位点；

3)整合步骤2)所得位点信息、健康人的全基因组测序数据和易感基因数据库，得到健康人的SNP位点，以及SNP位点对应的性状；

4)采用如下公式来计算患病风险，风险值R＝log2(OR₁*OR₂*OR₃*..*OR_n)*e，其中，OR为有突变位点相对危险度，e＝n/N，n为某人检出某种性状的位点数，N为芯片上某种性状的总位点数。

7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述步骤1)中本地化GATK4的步骤为：参照美国Broad研究所提供的GATK最佳实践将GATK4本地化，其工作流程配置在WDL文件，在json文件配置流程所需参数并在cromwell中运行，通过GATK的docker容器运行数据处理和突变检测流程。