[发明专利]去除宏基因组中宿主DNA的方法及试剂盒在审
申请号: | 201910047978.6 | 申请日: | 2019-01-18 |
公开(公告)号: | CN111455021A | 公开(公告)日: | 2020-07-28 |
发明(设计)人: | 许腾;曾伟奇;秦璐;王小锐;李永军;杨敏玲;苏杭 | 申请(专利权)人: | 广州微远基因科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6806 | 分类号: | C12Q1/6806 |
代理公司: | 广州新诺专利商标事务所有限公司 44100 | 代理人: | 李海恬 |
地址: | 510130 广东省广州市高新技术产业开发*** | 国省代码: | 广东;44 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 去除 宏基 宿主 dna 方法 试剂盒 | ||
1.一种去除宏基因组中宿主DNA的方法,其特征在于,包括以下步骤:
DNA片段化:将宿主基因组DNA进行片段化处理,得到宿主DNA片段;
氨基化:对上述宿主DNA片段进行氨基化处理;
偶联磁珠:将上述经氨基化处理的宿主DNA片段与磁珠偶联,得捕获磁珠;
杂交捕获:将待测样本采用上述方法进行DNA片段化,加入上述制备得到的捕获磁珠,进行杂交反应,磁力吸附磁珠,转移上清液,即得去除宿主DNA的待测宏基因组样本。
2.根据权利要求1所述的去除宏基因组中宿主DNA的方法,其特征在于,所述宿主的物种为人。
3.根据权利要求1所述的去除宏基因组中宿主DNA的方法,其特征在于,所述DNA片段化步骤中,所述宿主DNA片段的大小为150-300bp。
4.根据权利要求3所述的去除宏基因组中宿主DNA的方法,其特征在于,所述宿主基因组DNA片段化步骤中,采用超声破碎进行片段化处理,所述超声破碎的参数为:峰值功率为30-70W,脉冲占空系数为15.0-25.0,循环数为150-250,时间为200-400s;所述超声破碎的次数为1-3次。
5.根据权利要求1所述的去除宏基因组中宿主DNA的方法,其特征在于,所述氨基化步骤中,将所述宿主DNA片段与Premix TaqTM试剂反应。
6.根据权利要求5所述的去除宏基因组中宿主DNA的方法,其特征在于,将所述宿主DNA片段与Premix TaqTM试剂按照体积比为1:0.8-1.2混匀,70-74℃反应5-20min。
7.根据权利要求1所述的去除宏基因组中宿主DNA的方法,其特征在于,所述偶联磁珠步骤中,依次包括以下步骤:磁珠活化、磁珠偶联和双链变性;
所述磁珠活化步骤中,取羧基磁珠,加入一水合2-(N-吗啉代)乙烷磺酸洗涤,磁力吸附后去除上清,再加入乙基[3-(二甲胺基)丙基]碳二亚胺盐酸和N-羟基丁二酰亚胺,震荡活化,即得;
所述磁珠偶联步骤中,往活化后的磁珠加入经氨基化处理的宿主DNA片段,偶联反应,磁力吸附磁珠,去除上清液,重悬后封闭,即得;
所述双链变性步骤中,取上述偶联后的磁珠,加热使偶联于磁珠上的DNA双链变性,随后立即冷却,磁力吸附磁珠,去除上清液,洗涤,重悬,即得所述捕获磁珠。
8.根据权利要求7所述的去除宏基因组中宿主DNA的方法,其特征在于,所述磁珠偶联步骤中,以阻断试剂溶液重悬保存偶联后磁珠,备用;
所述双链变性步骤中,以阻断试剂溶液洗涤、重悬偶联后磁珠;
所述阻断试剂溶液含有:30-70mM的氯化钾,10-30mM的Tris-HCl,5-25mM的硫酸镁,50-200μg/ml的BSA。
9.根据权利要求1所述的去除宏基因组中宿主DNA的方法,其特征在于,所述杂交捕获步骤中,所述杂交反应的条件为:95℃加热3-5min,40-70℃加热1-3min。
10.根据权利要求1所述的去除宏基因组中宿主DNA的方法,其特征在于,所述杂交捕获步骤中,所述杂交反应中,还按照50-50μl阻断剂溶液/0.1-1mg捕获磁珠的量加入阻断试剂溶液,进行杂交反应;
所述阻断试剂溶液含有:30-70mM的氯化钾,10-30mM的Tris-HCl,5-25mM的硫酸镁,50-200μg/ml的BSA。
11.权利要求1-10任一项所述的去除宏基因组中宿主DNA的方法在制备检测宏基因组的试剂盒中的应用。
12.一种检测宏基因组的试剂盒,其特征在于,包括权利要求1-10任一项所述的捕获磁珠。
13.根据权利要求12所述的检测宏基因组的试剂盒,其特征在于,还包括阻断试剂,所述阻断试剂包括:摩尔比为4-6:1.5-2.5:0.7-1.3的氯化钾:Tris-HCl:硫酸镁,以及工作浓度为100μg/ml的BSA。
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