[发明专利]基于捕获测序的ctDNA占比的检测方法及检测装置

权利要求书

1.一种基于捕获测序的ctDNA占比的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1，获取基线样本DNA和待测cfDNA的捕获测序的基因数据，进行所述基因数据的处理，获得基线样本DNA注释后突变列表、待测cfDNA注释后突变列表和待测cfDNA拷贝数变异列表；

S2，同时使用所述基线样本DNA中的纯合与杂合位点，对所述待测cfDNA中的每个突变进行统计检验，挑选出所述基线样本DNA和所述待测cfDNA之间突变频率存在显著不同且满足预设过滤条件的位点作为候选SNP位点；

S3，结合所述候选SNP位点所在区域拷贝数突变的情况判断正常细胞DNA与ctDNA的所述候选SNP位点的突变类型；以及

S4，利用所述候选SNP位点不同碱基的支持reads数量与拷贝数，使用极大似然法建立概率模型，通过所述概率模型计算得到ctDNA占比；

所述S3中所用的判断标准如下表1所示：

表1

其中，突变类型中的A代表参考碱基类型，B代表突变碱基类型，所述待测cfDNA拷贝数缺失的判断标准为：

上式中CN_i是样本第i个所述候选SNP位点的拷贝数，CCF_i是样本第i个所述候选SNP位点对应的ctDNA占比，即根据最终预测的ctDNA占比的变化，所述待测cfDNA拷贝数缺失的标准也随之变化。

2.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，所述概率模型的评估指标包括：对每一个所述候选SNP位点进行ctDNA的占比估计、对ctDNA来源的异同进行判断以及对所述待测cfDNA整体的ctDNA占比情况进行检测。

3.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，在所述概率模型计算得到ctDNA占比后通过可视化模块绘制散点图和概率密度分布图对结果进行展示。

4.根据权利要求1所述的检测方法，其特征在于，针对所述候选SNP位点的突变类型的各种可能性，所述待测cfDNA在给定CCF_i时的理论突变频率按照以下表2中的公式进行计算：

表2

所述候选SNP位点的总测序深度、突变碱基支持reads数与突变频率满足如下公式所代表的分布：

AD_i～B(DP_i，VAF_i)

其中，AD_i是样本第i个所述候选SNP位点的突变碱基支持reads数；DP_i是样本第i个所述候选SNP位点的总测序深度；VAF_i是样本第i个所述候选SNP位点的突变频率；上式表示AD_i服从n＝DP_i，p＝VAF_i的二项分布；对于某一给定CCF_i，代入所述分布与理论突变频率的公式，计算各位点在该CCF_i下获得相应AD_i与DP_i的似然值；对每一个所述候选SNP位点使用极大似然法，使位点i似然值最大化的CCF_i占比即为该位点的CCF_i预测值，具体的log极大似然公式为：