[发明专利]从粪便中富集胃幽门螺杆菌治疗相关基因的方法及试剂盒

说明书

本发明涉及一种从粪便中富集胃幽门螺杆菌治疗相关基因的方法及试剂盒，所述方法利用磁珠偶联探针来富集粪便样本中的相关基因组DNA，并进一步利用巢式PCR来进行胃幽门螺杆菌个体化药物根除治疗相关基因片段的扩增，此基因片段可用于下游单碱基突变的荧光定量PCR检测或者膜芯片检测。本方法及试剂盒能够从组成成分复杂、PCR抑制剂较多的粪便中富集目标片段，为下一步的检测提供了纯度和质量较高的模板DNA，实现了对胃幽门螺杆菌个体化药物根除治疗相关基因检测的无创、无痛化，有利于彻底改变Hp感染的诊治模式，具有很好的创新价值和科研意义。

技术领域

本发明涉及生物检测领域，特别涉及无创富集及检测胃幽门螺杆菌技术领域，具体涉及从粪便中富集胃幽门螺杆菌治疗相关基因的方法及从粪便标本中获得胃幽门螺杆菌个体化药物根除治疗相关基因信息的试剂盒。

背景技术

幽门螺旋杆菌，英文名Helicobacterpylori，简称Hp。是革兰氏阴性、微需氧的细菌，生存于胃部及十二指肠的各区域内。它会引起胃黏膜轻微的慢性发炎，甚或导致胃及十二指肠溃疡与胃癌。世界卫生组织(WHO)癌症协会规定幽门螺杆菌是细菌中唯一的I类致癌因子。幽门螺旋杆菌国际共识会议(Maastricht IV)、WHO-IARC《根除Hp可作为预防胃癌策略》、《Hp胃炎京都共识》均认为Hp感染者应给予根除治疗。《2016年欧美儿童/青少年(＜18岁)Hp感染处理相关指南》强烈推荐基于Hp药物敏感试验结果制定根除方案。

我国是幽门螺旋杆菌感染重灾区，感染率高达到40％-60％，由于生活环境和习惯，使得许多人在儿童时期就感染了幽门螺旋杆菌。在中国，共餐制使得儿童更容易受到Hp的感染，大部分成人Hp感染在儿童期获得，大多发生在儿童早期，感染后一般难以自发清除而导致终生感染。

目前我国面临的核心问题是Hp菌株对抗生素耐药性显著升高，各种经验性根除方案的疗效明显下降。实现Hp感染个体化根除治疗临床广泛应用的目标需要克服两个关键的瓶颈问题：1)建立简便、舒适、无侵入性、价廉的待检标本取材方式；2)建立简便、快速、准确、价廉的相关基因检测技术，而前者是解决儿童Hp感染个体化根除治疗以及临床广泛应用的前提和基础，并且其也是后者实现的基础。因此，提高胃幽门罗杆菌的根除率，降低其感染率的首要就是要推广个体化治疗，而推广个体化治疗的前提就是要实现其简便、舒适以及无侵入性。

已有相关研究结果显示，对胃黏膜和胃液标本进行Hp菌株克拉霉素或左氧氟沙星耐药基因突变以及人宿主CYP2C19基因多态性检测是切实可行的，但需借助胃镜或胃管置入获得检测标本，患者痛苦性大、花费较贵、设备和技术要求较高，难以临床广泛应用，尤其是在儿童和老年患者中。而粪便标本取材简便、舒适性好、价格低廉、无侵入性，适用于各种人群，适合于各级医疗卫生条件的地区和单位，是实现Hp感染个体化根除治疗在临床上广泛开展的重要途径。

但是粪便的组成成分复杂，有：胃肠黏膜细胞、Hp以及各种胃肠道菌群、食物残渣、蛋白、脂肪、色素等，这些使得粪便基因组DNA的提取难度很大，提取DNA质量不高甚至粪便中的一些成分会对后期PCR反应有抑制作用。商业化的粪便基因组DNA提取试剂盒良莠不齐，即使能够提取出基因组DNA的，幽门螺杆菌的DNA丰度也非常低。这些情况都阻碍对幽门螺杆菌个体化治疗的推广和应用，特别是在儿童和老人人群中，幽门螺杆菌个体化治疗就更难以实现。

本发明针对粪便样本，利用磁珠技术偶联探针，有目的的钓取幽门螺杆菌基因片段并且利用巢式PCR技术对目的基因片段进行进一步富集，为后续胃幽门螺杆菌个体化药物根除治疗相关基因的检测提供了高纯度、高质量的DNA模板片段，可以实现儿童、老年人幽门螺杆菌个体化治疗，有利于幽门螺杆菌个体化治疗的推广和根除。

发明内容

本发明的目的是提供一种从粪便标本中获得胃幽门螺杆菌个体化药物根除治疗相关基因信息的试剂盒，所述试剂盒包括胃幽门螺杆菌个体化药物根除治疗相关基因捕获探针，通过捕获探针可特异性的从粪便中获得目标基因组片段，再结合巢式PCR扩增目标基因片段，获得的产物可用于下一步检测胃幽门螺杆菌个体化药物根除治疗相关基因的基因型。