[发明专利]用于诊断肺病的生物标记物及其使用方法

权利要求书

1.一种用于评估肺组织的计算机系统，该计算机系统包括：

中央计算环境；

输入装置，与所述中央计算环境操作连接，其中所述输入装置经配置以接收基因表达产物的表达水平，所述基因表达产物对应于与从受试者获得的肺组织样品中出现特发性肺纤维化(IPF)组织或正常组织相关的基因；

由所述中央计算环境执行的经训练的算法，其中所述经训练的算法经配置用于采用所述表达水平来以至少85％的准确度将所述肺组织样品分类为特发性肺纤维化(IPF)或者正常组织样品；以及

输出装置，与所述中央计算环境操作连接，其中所述输出装置经配置用于向用户提供分类信息。

2.权利要求1的计算机系统，其中所述基因对应于CXCR6或者CEACAM1。

3.权利要求1的计算机系统，其中所述IPF与选自下组的结缔组织疾病有关：系统性硬化症、多发性肌炎、系统性红斑狼疮，或类风湿性关节炎。

4.权利要求1的计算机系统，其中所述IPF是药物诱导的。

5.权利要求1的计算机系统，其中所述IPF是由病毒感染、细菌感染或肺结核导致的。

6.权利要求1的计算机系统，其中所述输出装置提供报告，所述报告总结所述分类信息。

7.权利要求1的计算机系统，其中所述报告包含对于治疗所述IPF的建议。

8.权利要求1的计算机系统，其中所述基因表达产物是信使核糖核酸。

9.权利要求1的计算机系统，其中所述中央计算系统经配置以通过下述来产生所述基因表达产物的标准化的表达水平：相对至少两个不同的生物标记物组来处理所述基因表达产物的所述表达水平，所述每个生物标记物组的基因表达数据包括一个或多个与所述一个或多个组织类型的存在相关的参考基因表达水平，其中所述表达水平被顺序地相对所述至少两个生物标记物组的基因表达数据被处理。

10.权利要求1的计算机系统，其中所述表达水平采用微阵列、基因表达系列分析、印迹、逆转录聚合酶链式反应、测序或定量聚合酶链式反应来测定。

11.权利要求1的计算机系统，其中所述中央计算环境经配置以相对于对应于参考基因的RNA转录本的所述表达水平来标准化所述表达水平。

12.权利要求1的计算机系统，其中所述基因表达产物对应于选自以下的一种或多种其他的基因：NLRP2、HDAC9、CBLN4、CHRDL2、CEACAM1、IL12RB2、ITGB5、ZNF671、ITPKC、RCOR1、HAS3、SLC7A5、GYS1、PLEKHA4、TMEM59L、RUNDC3B、VIPR2、LARP4B、RASD1、ODAM、TSPAN11、LRRC31、SLC4A3、STAT1、CTH、CD274、EGR1、ZNF211、EDN3、ZFP36、GNAZ、LDLR、TNNI2、ARNTL、ADAMDEC1、TRAFD1、BAAT、GABBR2、TUBB2B、POU2F3、PLA2G12B、DUOX2、CYP1A1、CYP1A2、FTO、CRABP2、KCNN3、CSRNP1、SCD5、DDIT4L、SYT8、ZC3H12C、ANO4、SLC6A1、DGKI、TSPAN33、PDLIM5、KLF15、HRASLS5、TAP1、ZNF30、PPIC、CXCL11、HSD17B13、CALB2、ISG20、CXCR6、ZMAT3、EIF1以及NUPR1。