[发明专利]一种鉴定西瓜品种真实性的方法及其专用SNP引物组合

说明书

本发明公开了一种鉴定西瓜品种真实性的方法及其专用SNP引物组合。本发明所提供的SNP引物组合由32个引物组组成。每个引物组由3条引物序列组成，用于扩增一个SNP位点。32个引物组中各个引物的核苷酸序列依次如序列表中序列1至序列96所示。本发明提供的SNP引物组合可用于对西瓜品种在种子或幼苗期进行早期鉴定，保证品种的真实性，切实保护生产者和育种家的权益，并为西瓜种质资源和新品种保护提供技术支持。本发明提供的方法既可以对未知西瓜品种进行鉴定，也可以对已知品种的真实性进行鉴定。本发明提供的方法具有高通量、准确、低成本、操作简单、节约人力、物力等有点，具有十分广阔的应用前景。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种鉴定西瓜品种真实性的方法及其专用引物组合。

背景技术

我国是西瓜生产和消费第一大国，年播种面积达182.8万公顷，占所有蔬菜栽培面积的7.9％。我国的西瓜育种从20世纪50年代开始到现在，已经实现了至少5次品种更新换代，育成了不同时期的西瓜主栽品种，大大推动了我国西瓜产业的发展。但问题也接踵而来，由于各省市之间的品种审定不协调，西瓜的品种管理和种质监测未能及时跟进，导致市场上出现了大量的同种异名及同名异种的现象，种子质量得不到保障，导致种子市场受到严重影响。根据《非主要农作物品种登记指南》的要求，品种特性说明和品种DUS测试报告中涉及的有关性状如有明确关联基因，可以直接提交DNA检测结果。因此，建立一套基于DNA指纹有效进行西瓜品种真实性和纯度鉴定的分子标记显得尤为重要。这一套分子标记要能够覆盖全基因组、尽可能多的代表全基因组遗传背景的变异位点；而且能够组合尽可能少的遗传变异位点，最大限度地反映品种的遗传多样性。

SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)是指在基因组上单个核苷酸的变异。近年来，SNP作为第三代分子标记，以其数量多、分布广、遗传稳定等优点受到广泛重视。随着第二代测序技术的发展和测序成本的降低，大规模西瓜重测序成为可能。基于分析西瓜变异组数据，可以挖掘更加稳定高效的SNP位点。采用等位基因竞争性特异PCR法，可以开发其特异性引物，最终获得样本在SNP位点的基因型。

目前，我国西瓜品种鉴定DNA分子检测主要依据SSR分子标记法,但是SSR引物的研发没有参考西瓜基因组变异组信息，存在不真实变异情况；SSR引物筛选所用的品种数量较少，且不能代表我国当前市场的销售品种；另外受限于SSR检测方式极易导致不真实、假阳性、假阴性结果；不能适应自动化、高通量、大规模的要求。与SSR标记相比，SNP具有多个方面的优势：变异清晰稳定容易检测，真实性准确性高；每个作物均有数以百万计SNP可供选择；适宜于高通量、低成本、自动化快速检测，可减少人为误差；SNP分型无需对照品种，以准确的碱基呈现结果。

发明内容

本发明的目的是鉴定西瓜品种。