[发明专利]用于捕获α地中海贫血相关基因拷贝数检测试剂盒

说明书

本发明公开了一种用于捕获α地中海贫血相关基因拷贝数检测试剂盒，包括捕获探针，所述捕获探针由17个主要探针和对照探针组成，17个主要探针是针对HBZ/HBZP1/HBA2/HBA1/HBQ1/HS‑40基因区域设计的，所述捕获探针对目标区域进行捕获，测序，通过数据分析估算HBA1基因和HBA2基因外显子1和外显子3的拷贝数，并对缺失类型进行基因分型。经实验验证，本发明试剂盒能准确检测捕获α地中海贫血相关基因拷贝数并进行缺失类型分型，检测灵敏度为100％，特异性为99.89％，精度为96.55％，准确性为99.90％。解决了现有方法错误率较高、稳定性不好、通量较小、特异性差，尤其是对HBA1和HBA2基因的高度同源性欠缺考虑等问题，还用于解决HBA1和HBA2基因高度同源性以及缺失类型种类多且难以区分等问题。

技术领域

本发明属于体外诊断领域，具体涉及用于捕获α地中海贫血相关基因拷贝数检测试剂盒。

背景技术

地中海贫血是严重威胁人类健康的致死致残的常染色体隐性遗传性血液病。全球约2％的人为地中海贫血基因的携带者，在我国南方高发病地区的人群携带率为3％-24％。地中海贫血是由于珠蛋白基因发生缺陷，导致肽链合成减少或缺失的遗传性溶血性血红蛋白病。临床上地中海贫血又分为轻型(地中海贫血携带者)，中间型和重型。临床上表现出特殊的地中海贫血面容—头颅增大、颧骨突出、眼距增宽、鼻梁低平，根据病情的轻重表现为小细胞低色素，溶血性贫血伴黄疸，疲乏无力，肝脾肿大，不定期或定期输血，水肿胎或过多铁沉积导致心力衰竭致死。

α-地中海贫血主要由α-珠蛋白基因发生缺失所引起，并且缺失范围具有很大的异质性，可以是仅涉及HBA1和HBA2基因附近的几千个碱基对的缺失，更多的是包含2个HBA1和HBA2基因在内的涉及几万到几十万碱基对的缺失，甚至整个α珠蛋白基因簇的丢失。此外，还有只包含α基因上游调控区的片段的缺失。目前全球已鉴定的α地中海贫血缺失超过20种，不同种族的α-珠蛋白基因的缺失谱不同，中国人中最常见的是SEA、3.7kb和4.2kb这三种缺失类型，在广西地区突变携带率分别为7.84％，4.78％和1.61％。

如图1所示，HBA1和HBA2处于高度同源的两个重复单元中，这些单元包括了三个同源片段(X、Y和Z盒)，其间被三个非同源区所分隔。HBA1和HBA2基因结构极其相似，其中编码区序列完全相同(5’端非编码区以及intron区有些微差异，3’端非编码区有部分碱基差异)，这极大地造成了分析的难度，这也是罕有利用二代测序检测α-地中海贫血的重要原因。

目前检测地中海贫血的方法主要有Gap-PCR以及MLPA(多重连接探针扩增)，其中，Gap-PCR往往是根据已知缺失类型进行引物设计，仅可检测已知缺失突变，检测范围十分有限，而且不能检测其它未知罕见的缺失类型，极有可能造成漏诊，导致重症患儿出生。此外，对于α地中海贫血缺失突变也可利用多重连接探针扩增(MLPA)技术对其进行检测，虽然相较于Gap-PCR而言，MLPA不但可以检测α-地中海贫血常见、非常见以及未知罕见缺失突变，但MLPA技术仍存在一定局限性，需要精确测量DNA的浓度、样本容易被污染且存在一定假阳性的可能，尤其对于单个外显子缺失突变的情况，需要利用PCR的方法进行进一步的验证实验。总之，目前尚无一种快速、低成本、大通量和自动化检测α-地中海贫血缺失突变的方法。