[发明专利]一种鉴定普通野生稻与栽培稻杂种后代育性的分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种鉴定普通野生稻与栽培稻杂种后代育性的分子标记及其应用。本发明公开的水稻分子标记为水稻基因组中对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸，为T或C。实验证明，本发明的水稻分子标记与水稻远缘杂交后代的育性，尤其是雌配子育性相关，在普通野生稻与栽培稻的杂交后代中，两条染色体中水稻育性分子标记均为T的TT基因型水稻和一条染色体中为T、另一条染色体中为C的TC基因型水稻的育性低于两条染色体中水稻育性分子标记均为C的CC基因型水稻，TT基因型和TC基因型水稻雌配子发育异常，CC基因型水稻雌雄配子发育均正常。表明，可利用本发明的水稻分子标记检测水稻远缘杂交后代的育性，尤其是雌配子育性。

技术领域

本发明涉及生物技术领域中，一种鉴定普通野生稻与栽培稻杂种后代育性的分子标记及其应用。

背景技术

水稻产量占世界粮食总产量40％左右，提高水稻单产对保障世界粮食安全具有重要意义。野生稻具有丰富的遗传变异，蕴含着丰富的可以提高水稻产量、品质及抗逆性的基因，可以作为栽培稻育种的优良种质资源。发掘和利用野生稻种质基因资源，在生产上利用野生稻中的这些有利基因，有助于突破水稻产量潜力进一步提高的瓶颈。然而，由于野生稻与栽培稻杂种及杂种后代存在不育或半不育现象，限制了野生稻优良基因的有效利用，因此，鉴定野生稻与栽培稻杂种及杂种后代的育性具有重要的意义。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是如何鉴定野生稻与栽培稻杂交后代的育性，尤其是雌配子育性。

为解决上述技术问题，本发明首先提供了水稻育性分子标记或检测所述水稻育性分子标记的物质在检测或辅助检测水稻远缘杂交后代育性中的应用；

所述水稻育性分子标记为a1)或a2)：

a1)水稻基因组中对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸，所述水稻育性分子标记为T或C；

a2)含有a1)所述水稻育性分子标记的DNA片段。

上述应用中，所述检测所述水稻育性分子标记的物质可为引物对，所述引物对满足：在以水稻基因组DNA为模板利用所述引物对进行PCR扩增时，得到的扩增产物中含有所述水稻育性分子标记。

上述应用中，所述引物对为A1，所述A1由名称分别为P1和P2的单链DNA组成，所述P1为序列表中序列1的第1899-1918位所示的单链DNA，所述P2为与序列表中序列1的第2430-2450位反向互补的单链DNA。

所述水稻育性分子标记可为序列表中序列1或2所示的DNA片段。

本发明还提供了检测水稻基因型的方法，所述基因型为TT基因型、CC基因型和TC基因型；所述方法包括：检测待测水稻染色体中对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸，所述待测水稻为水稻远缘杂交后代，如所述待测水稻两条染色体均为下述g1)的染色体，所述待测水稻为TT基因型水稻；如所述待测水稻两条染色体均为下述g2)的染色体，所述待测水稻为CC基因型水稻；如所述待测水稻两条染色体中一条为下述g1)的染色体，另一条为下述g2)的染色体，所述待测水稻为TC基因型水稻；

g1)对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸为T；

g2)对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸为C。

上述方法中，检测待测水稻染色体中对应于序列表中序列1的第2099位的核苷酸采用所述A1进行，所述方法包括L1)和L2)：

L1)以待测水稻基因组DNA为模板，采用所述A1进行PCR扩增得到PCR产物；