[发明专利]自动获取HER2荧光原位杂交结果的电子设备及介质有效
申请号: | 201910086394.X | 申请日: | 2019-01-29 |
公开(公告)号: | CN109636801B | 公开(公告)日: | 2020-04-21 |
发明(设计)人: | 叶德贤 | 申请(专利权)人: | 上海杏脉信息科技有限公司 |
主分类号: | G06T7/00 | 分类号: | G06T7/00;G06T7/13;G06T7/62 |
代理公司: | 上海光华专利事务所(普通合伙) 31219 | 代理人: | 庞红芳 |
地址: | 202150 上海市崇明区新河镇新开*** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 自动 获取 her2 荧光 原位杂交 结果 电子设备 介质 | ||
1.一种自动获取HER2荧光原位杂交结果的电子设备,其特征在于,包括处理器和存储器,所述存储器存储有程序指令,所述处理器运行程序指令实现如下方法:
分别获取使用荧光显微镜在红色滤光片下拍摄的FISH图片、绿色滤光片下拍摄的FISH图片及蓝色滤光片下拍摄的FISH图片;
从所述红色滤光片下拍摄的FISH图片中检测出HER2基因信号,从所述绿色滤光片下拍摄的FISH图片中检测出CEP17基因信号,从所述蓝色滤光片下拍摄的FISH图片中检测出肿瘤细胞;
根据检测出的所述肿瘤细胞获取所述红色滤光片下拍摄的FISH图片中与所述肿瘤细胞位置对应的HER2基因信号,形成HER2基因判断信号,获取所述绿色滤光片下拍摄的FISH图片中与所述肿瘤细胞位置对应的CEP17基因信号,形成CEP17基因判断信号;
根据所述HER2基因判断信号、所述CEP17基因判断信号以及HER2基因是否为阳性的判断标准获取HER2荧光原位杂交结果;
根据检测出的所述肿瘤细胞获取所述红色滤光片下拍摄的FISH图片中与所述肿瘤细胞位置对应的HER2基因信号,形成HER2基因判断信号的一种实现方式包括:
根据所述检测到的肿瘤细胞的位置生成对应掩码;
根据所述掩码滤除所述红色滤光片下拍摄的FISH图片中所述肿瘤细胞位置以外的HER2基因信号,所述红色滤光片下拍摄的FISH图片中剩余的HER2基因信号形成HER2基因判断信号;
所述红色滤光片下拍摄的FISH图片中剩余的HER2基因信号形成HER2基因判断信号具体包括:
获取所述红色滤光片下拍摄的FISH图片中剩余的各个HER2基因信号的轮廓区域面积;
对各所述轮廓区域面积的大小进行排序,取所述轮廓区域面积的中位数作为阈值;
根据所述阈值对大于所述阈值的所述轮廓区域面积进行估算,确定大于所述阈值的所述轮廓区域面积中包含的HER2基因信号数量;
根据确定的HER2基因信号数量确定所述HER2基因判断信号。
2.根据权利要求1所述的自动获取HER2荧光原位杂交结果的电子设备,其特征在于,所述从所述红色滤光片下拍摄的FISH图片中检测出HER2基因信号的一种实现方式包括:
对所述红色滤光片下拍摄的FISH图片抽取红色通道并抑制其他通道的干扰,形成红色通道图片;
对所述红色通道图片进行信号边缘检测,确定所述红色通道图片中信号区域;
计算所述信号区域内的平均灰度值,并将所述平均灰度值作为阈值进行阈值化处理,得到所述HER2基因信号。
3.根据权利要求1所述的自动获取HER2荧光原位杂交结果的电子设备,其特征在于,所述从所述绿色滤光片下拍摄的FISH图片中检测出CEP17基因信号的一种实现方式包括:
对所述绿色滤光片下拍摄的FISH图片抽取绿色通道并抑制其他通道的干扰,形成绿色通道图片;
对所述绿色通道图片进行信号边缘检测,确定所述绿色通道图片中信号区域;
计算所述信号区域内的平均灰度值,并将所述平均灰度值作为阈值进行阈值化处理,得到所述CEP17基因信号。
4.根据权利要求1所述的自动获取HER2荧光原位杂交结果的电子设备,其特征在于,所述从所述蓝色滤光片下拍摄的FISH图片中检测出肿瘤细胞的一种实现方式包括:
通过预设的肿瘤细胞检测模型从所述蓝色滤光片下拍摄的FISH图片中检测出肿瘤细胞。
5.根据权利要求4所述的自动获取HER2荧光原位杂交结果的电子设备,其特征在于,所述肿瘤细胞检测模型的一种获取过程包括:
将多个蓝色滤光片下拍摄的FISH图片中的肿瘤细胞通过标注框进行标注,获得训练图片集;
通过所述训练图片集对目标检测神经网络模型进行训练,得到肿瘤细胞检测模型。
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