[发明专利]用于菜豆种质资源鉴定的SNP标记及其筛选方法

说明书

本发明公开了用于菜豆种质资源鉴定的SNP标记及其筛选方法，以200份菜豆种质资源材料为研究对象，采用IIB‑RAD技术，利用标准型5'‑NNN‑3'接头与酶切标签连接，文库质控合格后在Illumina Hiseq Xten平台进行双端测序，以期筛选出适合鉴别200份菜豆种质资源所需最少的SNP位点组合，为菜豆种质资源高通量鉴别技术体系的建立提供技术支撑。SNP标记数量大基因组覆盖率高，分型操作简单准确度高，在不同环境下可形成统一标准，SNP与SSR相比，其在品种真实性鉴定和数据库构建方面更有优势。SNP在基因组中密度更高更均匀，更容易实现数据整合比较，更高通量。

技术领域

本发明涉及用于菜豆种质资源鉴定的SNP标记及其筛选方法，涉及分子生物学和生物信 息学领域。

背景技术

传统的农作物种质资源鉴定技术主要以田间小区种植鉴定，依靠品种间的特征特性差异 区分不同的品种，该方法费时、费工，且易受人为因素、环境气候条件的影响，无法保证检 测结果的准确性及时效性。九十年代兴起的电泳技术主要以蛋白质、同工酶为主，但同工酶 和蛋白质是基因表达的产物，其遗传方式并非全部表现为共显性遗传，多态性较少，对亲缘 关系较近及遗传基础复杂的材料难以鉴别。近年来，以SSR为代表的分子标记技术已广泛应 用于小麦、大麦、玉米、大豆、水稻、高粱、西瓜、甘蓝、黄瓜、番茄等种质资源的鉴定， 该技术具有多态性高且数量丰富、不受环境影响、检测快速等优点，具有广阔的应用前景。 单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism，SNP)作为最新发展期起来的第三代新兴 分子标记技术，具有检测通量大、分布密度广、多态性高、遗传稳定性强、速度快等特点， 分析系统自动化程度高，易于建立标准化操作，适合大规模SNP研究及基因分型。

目前，SNP技术主要用在小麦、玉米等大宗农作物种质资源鉴定，在小宗作物的种质资 源鉴定方面研究较少。菜豆是一种可以食用的豆科植物，俗称四季豆，其传统的田间种植鉴 定费时费力成本高，受环境的影响也会产生很大偏差，现在也有使用SSR分子标记来鉴别菜 豆品种，但SNP与SSR相比，其在品种真实性鉴定和数据库构建方面更有优势。SNP在基 因组中密度更高更均匀，更容易实现数据整合比较，更高通量。

发明内容

本发明克服了上述现有技术的不足，提供用于菜豆种质资源鉴定的SNP标记及其筛选方 法，旨在将SNP标记技术应用于菜豆种子的遗传资源鉴别、品种知识产权保护、品种鉴定等 方面，以200份菜豆种质资源材料为研究对象，采用IIB-RAD技术(基于IIB型限制性核酸 内切酶简化基因)，利用标准型5'-NNN-3'接头与酶切标签连接，文库质控合格后在Illumina Hiseq Xten平台进行双端测序，以期筛选出适合鉴别200份菜豆种质资源所需最少的SNP位 点组合，为菜豆种质资源高通量鉴别技术体系的建立提供技术支撑。

用于菜豆种质资源鉴定的一组SNP位点，所述SNP位点如下：

SNP1位点为染色体NC_023749.1上第46683位脱氧核糖核苷酸；

SNP2位点为染色体NC_023749.1上第1017737位脱氧核糖核苷酸；

SNP3位点为染色体NC_023749.1上第1086014位脱氧核糖核苷酸；

SNP4位点为染色体NC_023749.1上第1254713位脱氧核糖核苷酸；

SNP5位点为染色体NC_023749.1上第1311225位脱氧核糖核苷酸；

SNP6位点为染色体NC_023749.1上第2131483位脱氧核糖核苷酸；

SNP7位点为染色体NC_023749.1上第3007865位脱氧核糖核苷酸；

SNP8位点为染色体NC_023749.1上第3135424位脱氧核糖核苷酸；