[发明专利]一种用于地理特异性双脐螺溯源的SNP标记及检测方法和应用有效
| 申请号： | 201910104417.5 | 申请日： | 2019-02-01 |
| 公开（公告）号： | CN109913557B | 公开（公告）日： | 2023-03-28 |
| 发明（设计）人： | 吕志跃;胡玥;黄萍;周洪利;马玉斌;周昱旻 | 申请（专利权）人： | 中山大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6888 | 分类号： | C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11 |
| 代理公司： | 广州粤高专利商标代理有限公司 44102 | 代理人： | 陈卫 |
| 地址： | 510275 广东*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 用于 地理 特异性 双脐螺 溯源 snp 标记 检测 方法 应用 | ||
1.检测分型SNP标记组合的试剂在双脐螺地理溯源中的应用；所述SNP标记组合由SEQID NO:1所示序列中第501位为A/C多态性的SNP位点、SEQ ID NO:2所示序列中第501位为C/T多态性的SNP位点和SEQ ID NO:3所示序列中第501位为C/A多态性的SNP位点组成；
若SEQ ID NO:1所示序列中第501位碱基为C，且SEQ ID NO:2所示序列中第501位碱基为T，且SEQ ID NO:3所示序列中第501位碱基为A，则判定所述的双脐螺来源于广东深圳；
若SEQ ID NO:1所示序列中第501位碱基为A，且SEQ ID NO:2序列中第501位碱基为T，SEQ ID NO:3序列中第501位碱基为A，则判定所述的双脐螺来源于广东东莞；
若SEQ ID NO:1所示序列中第501位碱基为A，且SEQ ID NO:2序列中第501位碱基为C，SEQ ID NO:3序列中第501位碱基为A，则判定所述的双脐螺来源于香港。
2.检测分型SNP标记组合的试剂在制备双脐螺地理溯源分析的SNP芯片或试剂盒中的应用；
所述SNP标记组合由SEQ ID NO:1所示序列中第501位为A/C多态性的SNP位点、SEQ IDNO:2所示序列中第501位为C/T多态性的SNP位点和SEQ ID NO:3所示序列中第501位为C/A多态性的SNP位点组成；
若SEQ ID NO:1所示序列中第501位碱基为C，且SEQ ID NO:2所示序列中第501位碱基为T，且SEQ ID NO:3所示序列中第501位碱基为A，则判定所述的双脐螺来源于广东深圳；
若SEQ ID NO:1所示序列中第501位碱基为A，且SEQ ID NO:2序列中第501位碱基为T，且SEQ ID NO:3序列中第501位碱基为A，则判定所述的双脐螺来源于广东东莞；
若SEQ ID NO:1所示序列中第501位碱基为A，且SEQ ID NO:2序列中第501位碱基为C，且SEQ ID NO:3序列中第501位碱基为A，则判定所述的双脐螺来源于香港。
3.根据权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述试剂为PCR扩增引物和单碱基延伸引物，所述PCR扩增引物和单碱基延伸引物为：用于检测分型SEQ ID NO:1所示序列第501位为A/C多态性的SNP位点的序列如SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5所示的PCR扩增引物序列和序列如SEQ ID NO:10所示的单碱基延伸引物；用于检测分型SEQ ID NO:2所示序列第501位为C/T多态性的SNP位点的序列如SEQ ID NO:6和SEQ ID NO:7所示的PCR扩增引物和序列如SEQ ID NO:11所示的单碱基延伸引物；用于检测分型SEQID NO:3所示序列第501位为C/A多态性的SNP位点的序列如SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9所示的PCR扩增引物和序列如SEQ IDNO:12所示的单碱基延伸引物。
4.一种对双脐螺样本进行溯源或地理特异性分类的方法，其特征在于，检测分型待测双脐螺样本的SEQ ID NO:1所示序列中第501位为A/C多态性的SNP位点、SEQ ID NO:2所示序列中第501位为C/T多态性的SNP位点和SEQ ID NO:3所示序列中第501位为C/A多态性的SNP位点；
若SEQ ID NO:1所示序列中第501位碱基为C，且SEQ ID NO:2所示序列中第501位碱基为T，且SEQ ID NO:3所示序列中第501位碱基为A，则判定所述的双脐螺来源于广东深圳；
若SEQ ID NO:1所示序列中第501位碱基为A，且SEQ ID NO:2序列中第501位碱基为T，且SEQ ID NO:3序列中第501位碱基为A，则判定所述的双脐螺来源于广东东莞；
若SEQ ID NO:1所示序列中第501位碱基为A，且SEQ ID NO:2序列中第501位碱基为C，且SEQ ID NO:3序列中第501位碱基为A，则判定所述的双脐螺来源于香港。
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