[发明专利]一种淋巴瘤相关基因检测试剂盒及扩增子文库的构建方法在审
申请号: | 201910112143.4 | 申请日: | 2019-02-13 |
公开(公告)号: | CN109735621A | 公开(公告)日: | 2019-05-10 |
发明(设计)人: | 赵维莅;熊慧;王黎;俞浩;付迪 | 申请(专利权)人: | 上海交通大学医学院附属瑞金医院;上海源奇生物医药科技有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6886 | 分类号: | C12Q1/6886;C12N15/11;C40B50/06 |
代理公司: | 北京和信华成知识产权代理事务所(普通合伙) 11390 | 代理人: | 胡剑辉 |
地址: | 200025 *** | 国省代码: | 上海;31 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 检测试剂 相关基因 淋巴瘤 文库构建 引物组合 基因突变检测 核苷酸序列 扩增子文库 发明试剂 均一性 扩增子 比对 构建 建库 覆盖率 | ||
1.一种淋巴瘤相关基因检测试剂盒,其特征在于,所述淋巴瘤相关基因检测试剂盒包括针对899个扩增子的引物组合,所述扩增子在染色体上的起始位置和终止位置如下表1所示。
2.根据权利要求1所述的淋巴瘤相关基因检测试剂盒,其特征在于,所述引物组合的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.1798所示;
优选的,所述引物组合分装于引物池1和引物池2中;
更优选的,所述引物池1中分装有448对引物,所述引物池2中分装有451对引物。
3.根据权利要求1所述的淋巴瘤相关基因检测试剂盒,其特征在于,所述淋巴瘤相关基因检测试剂盒还包括Index引物;优选的,所述Index引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.1799~SEQ ID NO.1894所示。
4.根据权利要求1所述的淋巴瘤相关基因检测试剂盒,其特征在于,所述淋巴瘤相关基因检测试剂盒还包括纯化buffer;
优选的,所述纯化buffer中含有NaCl、PEG8000和水;
更优选的,每升所述纯化buffer中含NaCl 146.25g、PEG8000 200ml和工艺用水800ml。
5.根据权利要求1所述的淋巴瘤相关基因检测试剂盒,其特征在于,所述淋巴瘤相关基因检测试剂盒还包括酶混合物;优选的,所述酶混合物中含有Taq酶和酶稀释液;更优选的,所述酶混合物中Taq酶的浓度为0.278U/μl。
6.一种用于检测淋巴瘤相关基因的引物组合,其特征在于,所述引物组合的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.1798所示。
7.一种扩增子文库的构建方法,其特征在于,至少包括以下步骤:
(1)第一轮PCR扩增:利用如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.1798所示的引物组合扩增所述扩增子,得到第一轮PCR反应产物;
(2)纯化所述第一轮多重PCR反应产物;优选磁珠纯化;
(3)第二轮PCR扩增:将纯化后的PCR反应产物与Index引物进行第2轮PCR反应,将所述Index引物引入到所述扩增子的两侧;优选的,所述Index引物SEQ ID NO.1799~SEQ IDNO.1894所示;
(4)纯化所述第二轮PCR反应产物,得到淋巴瘤相关基因的扩增子文库;优选磁珠纯化;
(5)对所述扩增子文库进行纯化、定量。
8.根据权利要求7所述的构建方法,其特征在于,在步骤(1)中,第一轮PCR反应分为2个反应管,使用的引物分别为引物池1和引物池2;PCR反应体系中含有PCR反应液2μl、引物池2.4μl、模板DNA 7μl、酶混合物3.6μl,其中,模板DNA的DNA含量为50ng。
9.根据权利要求7所述的构建方法,其特征在于,在步骤(1)中,第一轮PCR反应的条件为:先95℃条件下保温3分30秒,然后以98℃条件下20秒、60℃条件下8分钟为一个循环,共循环18次,最后72℃条件下保温5分钟;反应结束后,将含有引物池1的反应管的PCR产物7μl、含有引物池2的反应管的PCR产物13μl合并,得到所述第一轮多重PCR反应产物。
10.根据权利要求7所述的构建方法,其特征在于,在步骤(3)中,PCR反应体系中含有第一轮PCR纯化产物9.4μl、Index引物2μl、酶混合物3.6μl;
第二轮PCR反应的条件为:先95℃条件下保温3分30秒,然后以98℃条件下20秒、58℃条件下1分钟、72℃条件下30秒为一个循环,共循环10次,最后72℃条件下保温5分钟。
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