[发明专利]一种用于检测水稻sbe3-rs基因的KASP标记引物

说明书

一种用于检测水稻sbe3‑rs基因的KASP标记引物，其包括引物1、引物2和引物3，所述引物1中包含序列标签A，引物2中包含序列标签B，所述引物1的具体核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，引物2的具体核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，引物3的具体核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，利用所述KASP标记引物检测抗性淀粉的基因型，具有高通量、低成本和高准确性的特点，结果准确可靠，方便快捷，成本低，将在水稻高抗性淀粉育种中发挥重要作用。

技术领域

本发明属于农业分子生物技术领域，具体涉及一种用于检测水稻sbe3-rs基因的KASP标记引物。

背景技术

糖尿病已经成为继肿瘤和心血管病变之后第三大严重威胁人类健康的慢性疾病。2013年9月4日《美国医学会杂志》发布的一篇文章显示，根据2010年中国的流行病学调查数据显示，中国糖尿病的患病率在近10年翻了近两倍，中国糖尿病发生率已达11.6％，达到警戒级别，显著高于世界平均水平6.4％。中国糖尿病高危人群也在扩大，约1.5亿，每年有数以万计的患者死于糖尿病及其并发症。中国的糖尿病现状已非常严峻，而且中国已成为全球范围糖尿病增长最快的地区，并且发病年龄更趋于年轻化。未来50年，糖尿病将是中国一个最为严重的公共卫生问题。

水稻(Oryza sativa L.)作为三大粮食作物之一，稻米淀粉含量最高，是人类最重要的碳水化合物和能量来源之一，改良稻米中的营养成分，有利于降低人体对碳水化合物的吸收，从而可能降低“文明病”的发病率。

提高稻米中抗性淀粉(Resistant Starch，RS)含量是一种十分有效可行的办法之一。抗性淀粉是指“在健康个体的小肠中不能被吸收的淀粉或淀粉降解产物”(欧洲抗性淀粉协会EURESTA定义)。RS在调节膳食结构中占有十分重要的地位，通过筛选和鉴定高RS含量的水稻遗传资源，改良水稻品种，来改善人们的饮食结构是治疗和预防糖尿病等文明病病发的最经济有效的手段之一。

中国专利CN102816778A定位了控制水稻RS含量的主效基因sbe3-rs，该突变基因在对应于水稻淀粉分支酶SBE3基因第16个外显子的第105位处具有T→C的碱基突变，并且针对该位点开发了一个CAPS功能标记分子标记。

利用CAPS分子标记进行基因型检测时，涉及到先PCR反应后用限制性内切酶SpeI酶切步骤，使用起来存在步骤繁琐，费用昂贵等一系列弊端，而且每次最多只能检测96个样品，对于大量样本检测来说，具有局限性。

中国发明专利CN104561315A公布了四引物ARMS-PCR分子标记方法，采用四引物一步PCR扩增的方法对sbe3-rs不同基因型进行鉴定，能有效区别sbe3-rs的纯合和杂合基因型，不涉及限制性内切酶的使用，与CAPS分子标记相比，四引物ARMS-PCR分子标记方法更为高效、快捷。但是，ARMS-PCR分子标记在扩增群体较大时效率偏低，扩增结果不太稳定。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于检测水稻sbe3-rs基因的KASP标记引物，检测抗性淀粉sbe3-sr基因的基因型，具有高通量、低成本和高准确性的特点，结果准确可靠，方便快捷，成本低，将在水稻高抗性淀粉育种中发挥重要作用。

为了达到上述目的，本发明提供如下技术方案；

一种用于检测水稻sbe3-rs基因的KASP标记引物，其包括引物1、引物2和引物3，所述引物1的具体核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，引物2的具体核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，引物3的具体核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示。

进一步，所述sbe3-rs基因第16个外显子的第105位处有T→C的碱基突变。

又，所述引物1的5’端与荧光标签序列A连接，引物2的5’端与荧光标签序列B连接。

又，所述引物3的扩增序列为60-100bp。