[发明专利]一种含有七个基因作为生物标志物预测肺鳞癌预后的模型及建立方法

说明书

本发明涉及基因技术及生物医学领域，具体涉及一种含有七个基因作为生物标志物预测肺鳞癌预后的模型及建立方法。一种预测肺鳞癌预后的模型，含有主要与肺鳞癌的预后有关的7个基因为：CSRNP1、CLEC18B、MIR27A、AC130456.4、DEFA6、ARL14EPL和ZFP42，其中CSRNP1和CLEC18B的表达与存活率呈正相关，而MIR27A、AC130456.4，DEFA6，ARL14EPL和ZFP42的表达与存活率呈负相关。本发明提供多个基因作为生物标记物，提高了对于预测肺鳞状细胞癌的预后灵敏度和准确性，从而降低肺鳞癌患者的死亡率、局部复发率，并通过风险预测模型改善患者的预后。

技术领域

本发明属于基因技术及生物医学领域，具体涉及一种含有七个基因作为生物标志物预测肺鳞癌预后的模型及建立方法。

背景技术

肺鳞癌即肺鳞状细胞癌，是最主要的肺癌病理类型之一，其来源于支气管上皮细胞恶变，病例数占非小细胞肺癌的30％左右。肺鳞癌的常规治疗方法主要包括手术治疗、化学治疗和分子靶向治疗，患者的5年生存率低于15％，全世界每年约40余万人因其致死。目前，对肺鳞癌患者的预后判定没有参考标准，也没有特异性的指标，远远不能适应对肺鳞癌患者进行预后判定的需求。因此，对肺鳞癌患者预后进行判定，以便选择最佳治疗方案，显著提高患者生存率，成为胸外科领域亟待解决的重要课题。因此，需要及时研究肺鳞癌治疗后的预后。

现有技术对预测肺鳞癌预后的有效基因知之甚少。此外，许多已经公开的研究只集中在单基因上来预测肺鳞癌的预后。例如，Podoplanin的强烈表达可能提示与癌细胞的侵袭或迁移相关的更好的总体存活。此外，FAM83B也被发现作为预示良好预后的生物标志物，而潜在的机制仍需要澄清。虽然p114RhoGEF的过表达可能成为反映其预测淋巴结转移的作用导致的总体生存率低的标志，而GASC1和5-microRNA表明预后不良。然而，作为生物标志物的单个基因对于预测肺鳞状细胞癌的预后不够灵敏和准确。

目前，作为生物标志物的多个基因对于预测肺鳞状细胞癌的预后判定没有参考标准，也没有特异性的指标，远远不能适应对肺鳞癌患者进行预后判定的需求。因此，寻找作为生物标志物的多个基因对于预测肺鳞状细胞癌的预后判定，以便选择最佳治疗方案，显著提高患者生存率，成为胸外科领域亟待解决的重要课题。

发明内容

鉴于现有技术存在的问题，本发明的目的在于提供一种含有七个基因作为生物标志物预测肺鳞癌预后的模型。本发明提供多个基因作为生物标记物，提高了对于预测肺鳞状细胞癌的预后灵敏度和准确性，从而降低肺鳞癌患者的死亡率、局部复发率，并通过风险预测模型改善患者的预后。

为了实现上述目的，本发明采用以下技术方案。

一种预测肺鳞癌预后的模型，含有主要与肺鳞癌的预后有关的7个基因为：CSRNP1、CLEC18B、MIR27A、AC130456.4、DEFA6、ARL14EPL和ZFP42，其中CSRNP1和CLEC18B的表达与存活率呈正相关，而MIR27A、AC130456.4，DEFA6，ARL14EPL和ZFP42的表达与存活率呈负相关。

一种含有七个基因作为生物标志物预测肺鳞癌预后的模型的建立方法，具体包括以下步骤。

1. 数据采集。

从癌症基因组图谱（TCGA）数据库（http://cancergenome.nih.gov/）总共获得551个样品，包括49个正常样品和502个肺鳞状癌样品。同时所有样品包含来自数据库的关于年龄、性别、种族、吸烟状况、癌症阶段、存活时间和RNA表达谱的相应临床数据。通过符合选择标准的R（http://www.r-project.org）筛选出差异表达的基因如下：1）p0.05；2）|log2fold更改|1。

2. Cox回归模型的构建。