[发明专利]一种基因型校正的装置和方法

权利要求书

1.一种基因型校正的装置，其特征在于，所述装置包括如下单元：

(1)样本收集单元：收集不同基因型的初始样本，确定初始样本各位点的基因型；

(2)数据采集单元：对初始样本进行测序和变异分析，采集突变频率；

(3)模型构建单元：采用贝叶斯模型结合核密度估计的方法，根据单元(2)采集的突变频率和单元(1)确定的已知基因型构建贝叶斯模型，制定阈值；

所述贝叶斯模型的公式为：

其中，所述GT_i表示为某种基因型事件，AF表示突变频率事件；

所述P(GT_i)为先验概率，即在不附加任何条件下发现某种基因型的概率值；

所述条件概率P(GT_i|AF)为后验概率，即在观察到AF频率后对应的基因型进行判定的概率值；

所述条件概率P(AF|GT_i)为计算过程中的条件概率，即在事件GT_i已知的条件下事件AF发生的概率值；

(4)检测校正单元：对待测样本进行测序，采集突变频率，将根据贝叶斯模型结合核密度估计的方法计算得到的后验概率值P(GT|AF)与单元(3)制定的阈值比较，判别校正该位点的基因型。

2.根据权利要求1所述的装置，其特征在于，单元(1)所述基因型包括野生型、纯合突变型或杂合突变型中的任意一种或至少两种的组合。

3.根据权利要求2所述的装置，其特征在于，单元(1)所述基因型包括野生型、纯合突变型和杂合突变型的组合。

4.根据权利要求1所述的装置，其特征在于，单元(1)所述确定的方法为一代测序法。

5.根据权利要求1所述的装置，其特征在于，单元(2)所述测序的方法为半导体测序法。

6.根据权利要求1所述的装置，其特征在于，单元(2)所述突变频率为突变型碱基深度与测序深度的比值。

7.根据权利要求1所述的装置，其特征在于，单元(3)所述条件概率P(AF|GT_i)通过核密度估计的方法计算；

所述核密度估计的公式如下：

其中，p(x_AF)为概率密度函数，对其积分能够求得P(AF|GT_i)；

概率N(x_i,z)为高斯分布，z为设定参数，称为带宽，n为数据点总数，带宽影响密度估计，反映KDE曲线整体的平坦程度。

8.根据权利要求7所述的装置，其特征在于，所述带宽的选取公式如下：

其中，z为带宽，n为数据点总数，σ为标准差。

9.根据权利要求1所述的装置，其特征在于，单元(4)所述测序为半导体测序。

10.根据权利要求1所述的装置，其特征在于，单元(4)所述校正的判定标准为：满足后验概率P(GT|AF)≥阈值时，则判定为该基因型。