[发明专利]一种CYP3A5基因rs776746位点多态性核酸质谱检测方法

说明书

本发明提供了一种CYP3A5基因rs776746位点多态性核酸质谱检测方法，属于单核苷酸多态性检测技术领域，所述方法包括以下步骤：1)以人基因组DNA为模板，用CYP3A5基因rs776746位点引物进行PCR扩增获得扩增产物；2)利用虾碱性磷酸酶对步骤1)中获得的扩增产物进行去磷酸化处理，获得去磷酸化的线性DNA片段；3)对步骤2)中获得的去磷酸化的线性DNA片段进行单碱基延伸获得延伸产物；4)采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱法检测步骤3)中所述延伸产物，获得所述CYP3A5基因rs776746位点的多态性分型结果。所述检测方法准确、高效、快速。

技术领域

本发明属于单核苷酸多态性检测技术领域，尤其涉及一种CYP3A5基因rs776746位点多态性核酸质谱检测方法。

背景技术

CYP3A5是人类细胞色素P450酶系成员之一，属于CYP3亚家族成员。在CYP3亚家族中，CYP3A4和CYP3A5参与了50％常用药物在人体内的代谢。高血压病的药物近几年发展迅速，调节血压的药物的代谢与基因多态性紧密相关，不同的高血压患者对同种降压药的反应表现出个体差异。其中用于降压药物中钙离子通道拮抗剂类相关药物的代谢与CYP3A5基因的多态性相关，其用药效果根据患者CYP3A5的基因型表现出个体差异。

目前已有研究证实CYP3A5的突变基因型CYP3A5*3能够产生剪切突变，生成不稳定蛋白质，形成突变纯合子GG型，该基因降低了肝脏及肠中的CYP3A5的表达，可引起钙拮抗剂的代谢减慢，导致体内血药浓度升高，进而药物的毒性也相应增加。研究显示，基因突变是CYP3A5表达的主要调控方式，也是导致CYP3A的药物清除及用药过程中出现个人、种族间差异最重要的原因。

CYP3A基因上存在多个SNP位点，每个SNP位点的不同基因型均可能对药物的的代谢清除产生不同的影响。但是目前尚没有一种准确、高效、快速的检测CYP3A基因SNP的方法。

发明内容

有鉴于此，本发明的目的在于提供一种准确、高效、快速的检测CYP3A5基因rs776746位点多态性核酸的方法。

为了实现上述发明目的，本发明提供了以下技术方案：

一种CYP3A5基因rs776746位点多态性核酸质谱检测方法，包括以下步骤：

1)以人基因组DNA为模板，用CYP3A5基因rs776746位点引物进行PCR扩增获得扩增产物；

2)利用虾碱性磷酸酶对步骤1)中获得的扩增产物进行去磷酸化处理，获得去磷酸化的线性DNA片段；

3)对步骤2)中获得的去磷酸化的线性DNA片段进行单碱基延伸获得延伸产物；

4)采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱法检测步骤3)中所述延伸产物，获得所述CYP3A5基因rs776746位点的多态性分型结果；

步骤1)中所述rs776746位点引物包括rs776746-F和rs776746-R；所述rs776746-F具有如SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列；所述rs776746-R具有如SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列；

步骤3)中所述单碱基延伸的延伸引物为rs776746-E，具有如SEQ ID NO：3所示的核苷酸序列。

优选的，步骤1)中所述PCR扩增的体系以5μL计，包括以下组成：10×PCR buffer0.5μL；25mmol/L的MgCl₂ 0.4μL；25mmol/L的dNTP MIX 0.1μL；5U/μL的HotStar Taq 0.1μL；水1.9μL；引物1μL；20～50ng/μL的人基因组DNA 1μL。