[发明专利]细胞信号通路网络特征的确定方法、装置、设备及介质

说明书

本发明公开了一种细胞信号通路网络特征的确定方法、装置、设备及介质。该方法包括：获取指定细胞信号通路的完整网络图；根据对应的突变基因集合确定与全部样本匹配的未突变基因交集，突变基因集合与指定细胞信号通路关联；根据完整网络图以及各样本的突变基因集合，计算各样本的未突变基因网络图，生成各未突变基因网络图的节点序列集；使用节点序列集形成语料库，训练得到针对未突变基因交集的词向量模型，并根据各词向量模型对未突变基因交集的处理结果，得到各样本针对指定细胞信号通路的细胞信号通路网络特征。本发明实施例提出了一种全新的，通过样本的基因突变数据描述样本针对指定细胞信号通路的细胞信号通路网络特征的新方式。

技术领域

本发明实施例涉及信息处理技术，尤其涉及一种细胞信号通路网络特征的确定方法、装置、设备及介质。

背景技术

细胞信号通路是细胞生命活动的主要部分，是细胞维持正常生理功能的必备。一般来说，可以通过细胞信号通路网络中所有基因的表达值作为一类特征，来描述细胞的状态，据此可以比较不同样本间的差异。

现有技术一般通过差异基因表达来描述细胞信号通路网络。基本方法就是以生物学意义的方式计算基因表达数据，然后通过统计学分析基因表达数据寻找具有统计学显著性差异的基因，即差异表达基因。通过差异表达基因的表达值作为一类特征，来描述细胞的状态。

发明人在实现本发明的过程中，发现现有技术存在如下缺陷：现有技术依赖基因表达数据，如果只有基因突变数据，则无法描述细胞信号通路网络状态。

发明内容

本发明提供一种细胞信号通路网络特征的确定方法、装置、设备及介质，以实现通过基因突变数据描述细胞信号通路网络状态，扩大基因突变数据的使用范围和场景。

第一方面，本发明实施例提供了一种细胞信号通路网络特征的确定方法，包括：

获取指定细胞信号通路的完整网络图，完整网络图包括：多个节点，及连接具有相互作用关系的两个节点的有向边，节点包括：基因或化合物；

获取多个样本，并根据与各样本对应的突变基因集合，确定与全部样本匹配的未突变基因交集，突变基因集合与指定细胞信号通路关联；

根据完整网络图以及各样本的突变基因集合，计算与各样本对应的未突变基因网络图，并生成各未突变基因网络图的节点序列集；

使用各样本的节点序列集形成语料库，训练得到各样本针对未突变基因交集的词向量模型，并根据各样本的词向量模型对未突变基因交集的处理结果，得到各样本针对指定细胞信号通路的细胞信号通路网络特征。

第二方面，本发明实施例还提供了一种细胞信号通路网络特征的确定装置，包括：

网络图获取模块，用于获取指定细胞信号通路的完整网络图，完整网络图包括：多个节点，及连接具有相互作用关系的两个节点的有向边，节点包括：基因或化合物；

样本获取模块，用于获取多个样本，并根据与各样本对应的突变基因集合，确定与全部样本匹配的未突变基因交集，突变基因集合与指定细胞信号通路关联；

网络图计算模块，用于根据完整网络图以及各样本的突变基因集合，计算与各样本对应的未突变基因网络图，并生成各未突变基因网络图的节点序列集；

特征获取模块，用于使用各样本的节点序列集形成语料库，训练得到各样本针对未突变基因交集的词向量模型，并根据各样本的词向量模型对未突变基因交集的处理结果，得到各样本针对指定细胞信号通路的细胞信号通路网络特征。

第三方面，本发明实施例还提供了一种计算机设备，所述计算机设备包括：

一个或多个处理器；

存储装置，用于存储一个或多个程序；