[发明专利]小麦生长势相关SNP及其作为靶点在鉴定小麦生长势性状中的应用

说明书

本发明公开了一种小麦生长势相关SNP及其作为靶点在鉴定小麦生长势性状中的应用。本发明还保护一种鉴定待测小麦的生长势或株高性状的方法，包括如下步骤：检测待测小麦基于特异SNP的基因型；AA基因型小麦的生长势或株高高于GG基因型小麦。所述特异SNP为如下(e1)或(e2)：(e1)位于小麦基因组中的序列表的序列4所示DNA分子的第36位核苷酸；(e2)位于小麦基因组中的序列表的序列5所示DNA分子的第21位核苷酸。本发明可用于生长势优良的小麦品种，为选育高产稳产品质优良的小麦品种奠定理论基础且提供分子辅助选择手段。

技术领域

本发明涉及一种小麦生长势相关SNP及其作为靶点在鉴定小麦生长势性状中的应用。

背景技术

人口数量膨胀与极端气候加剧，传统育种周期繁杂冗长，粮食生产与需求失调，使得作物育种工作面临巨大压力。作物育种是一个概率过程,不同育种环境下可供选择品系越多,选育出优势基因型几率越大。如何快速、精准动态获取不同环境下大型育种群体表型参数，并与基因型、环境因子参数进行关联分析,选育特定育种目标基因型己成为现代育种和表型组学的迫切需求。

过去20年，分子表达谱技术和传统基因测序技术极大推动植物基因组学发展，高通量基因测序、分子标记辅助育种和基因组选择技术应用进一步加速育种进程。随着数据采集平台、传感器及数据处理和分析方法发展，髙通量表型测定技术不断被引入作物育种研究领域。利用无人机平台搭载多种传感器获取高分辨率田间作物图像数据,结合数字图像处理技术提取作物表型信息和表型数据分析方法,被广泛应用于获取各种表型参数，包括预测作物地上部产量和衰老速率、植被归一化指数、冠层温度、植株密度等。高通量田间作物表型测定相关性状，更接近育种实践，利于评估基因型、环境因子及其相互作用对表型影响，有效提高育种效率并辅助缩短育种进程。

小麦强生长势利于提高生育前期生物量积累、叶面积、根系形态对水资源、养分的利用效率，促进植株后期发育并提高产量。苗期群体植株高度是鉴定小麦生长势的重要性状，影响株型、种植密度、收获指数和抗倒伏系数，最终决定籽粒产量形成。小麦株高受品种、基因型、环境等多因素协同调控，是多基因控制的复杂数量性状，主要受加性、上位性及环境互作效应调控。迄今为止，在大田试验和室内试验中利用手持型仪器对根系、叶面积、生物量、株高等方面已开展较多研究。其中，通过突变体结合分子生物学手段已发现25个矮秆基因(Rht)。小麦中大多数矮秆基因已经被发掘并开发出与之紧密连锁的分子标记应用于标记辅助选择育种中,其中Rht-B1、Rht-D1及Rht8矮秆基因在世界范围内应用最为广泛。位于4B和6D染色体上的Rht-B1和Rht-D1基因都属于赤霉素不敏感基因,对小麦茎节伸长有重要影响；Rht8位于2D染色体上,属于油菜素类固醇不敏感基因；携带Rht8矮秆位点的导入系比对照株系生长势矮化,穗长变短,小穗数无变化,从而产生密穗型表型。借助高通量表型测定技术对于小麦生育早期与生长势基因相关的位点较为罕见，开发育种可用的标记更是少之又少。因此，发掘新的遗传效应值稳定表达且紧密连锁的数量性状位点,对分子标记辅助选育优良的小麦品种具有重要意义。

中麦895是中国农业科学院作物科学研究所、中国农业科学院棉花研究所以周麦16为母本、荔垦4号为父本杂交选育而成的半冬性多穗型中晚熟品种。在2013-2015年品种比较试验和大田示范中表现出高产广适、灌浆后期耐高温等特点。扬麦16是长江中下游麦区种植面积最大的品种，具有灌浆速度快、粒重高等特点。

发明内容

本发明的目的是提供一种小麦生长势相关SNP及其作为靶点在鉴定小麦生长势性状中的应用。

本发明提供了特异引物组，由引物A、引物B和引物C组成；

引物A为如下(a1)或(a2)：

(a1)序列表的序列1所示的单链DNA分子；

(a2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子；

引物B为如下(b1)或(b2)：