[发明专利]一种基因序列比对滤波加速处理方法、系统及装置

权利要求书

1.一种基因序列比对滤波加速处理方法，其特征在于，包括：

在基因序列匹配的过程中，分别统计待比对序列所包含的seeds在各参考序列子片段的匹配命中次数；

按照所述匹配命中次数的大小对各所述参考序列子片段进行排序；

根据预设阈值设定规则设定滤波阈值，并舍弃匹配命中次数小于所述滤波阈值的参考序列子片段，以将所述seeds与未舍弃的参考序列子片段进行基因序列比对；

所述按照所述匹配命中次数的大小对各所述参考序列子片段进行排序的过程，包括：

利用加速器，按照所述匹配命中次数的大小对各所述参考序列子片段进行双调排序。

2.如权利要求1所述的基因序列比对滤波加速处理方法，其特征在于，所述阈值设定规则的预设过程包括：

求取各所述参考序列子片段的匹配命中次数的平均值，并将所述平均值确定为滤波阈值。

3.如权利要求2所述的基因序列比对滤波加速处理方法，其特征在于，在将所述平均值确定为滤波阈值之前，所述阈值设定规则的预设过程还包括：

求取各所述参考序列子片段的匹配命中次数的下降速率，当相邻排序的两个参考序列子片段的匹配命中次数的下降速率大于预设速率阈值时，获取两个所述参考序列子片段各自对应的匹配命中次数中的较大值；

相应的，所述将所述平均值确定为滤波阈值的过程，包括：

判断所述平均值是否大于所述较大值，若是，则将所述平均值确定为滤波阈值；若否，将所述较大值确定为滤波阈值。

4.如权利要求3所述的基因序列比对滤波加速处理方法，其特征在于，在判断所述平均值是否大于所述较大值之前，所述阈值设定规则的预设过程还包括：

根据预设的参考序列子片段的舍弃数量，获取计划保留的参考序列子片段各自对应的匹配命中次数中的最小值；

相应的，所述判断所述平均值是否大于所述较大值，若是，则将所述平均值确定为滤波阈值；若否，将所述较大值确定为滤波阈值的过程，包括：

比较所述平均值、所述较大值及所述最小值的大小，将三者中的最大值确定为滤波阈值。

5.如权利要求1所述的基因序列比对滤波加速处理方法，其特征在于，该方法还包括：

将各所述参考序列子片段的初始位置、长度及匹配命中次数存储至预设第一存储空间。

6.如权利要求5所述的基因序列比对滤波加速处理方法，其特征在于，该方法还包括：

将匹配命中次数最大的参考序列子片段的初始位置及长度、所述seeds与此参考序列子片段的匹配位置存储至预设第二存储空间。

7.如权利要求1所述的基因序列比对滤波加速处理方法，其特征在于，所述加速器具体为现场可编程门阵列FPGA。

8.一种基因序列比对滤波加速处理系统，其特征在于，包括：

统计模块，用于在基因序列匹配的过程中，分别统计待比对序列所包含的seeds在各参考序列子片段的匹配命中次数；

排序模块，用于利用加速器，按照所述匹配命中次数的大小对各所述参考序列子片段进行双调排序；

舍弃模块，用于根据预设阈值设定规则设定滤波阈值，并舍弃匹配命中次数小于所述滤波阈值的参考序列子片段，以将所述seeds与未舍弃的参考序列子片段进行基因序列比对。

9.一种基因序列比对滤波加速处理装置，其特征在于，包括：

存储器，用于存储计算机程序；

处理器，用于在执行所述计算机程序时实现如权利要求1-7任一项所述的基因序列比对滤波加速处理方法。